謎のシスターさんを自分の部屋に匿い、上条はひとまず補習に出かけた。しかしその帰宅途中、自分の部屋の前でインデックスが血まみれになって倒れているのを発見する。それは、彼女を回収するため追ってきた魔術師の仕業だった。赤い髪、目の下にはバーコード、漆黒の修道服を着た長身の青年。ステイル=マグヌスと名乗るその魔術師は、上条に向かって突然ルーン魔術を唱えた……! 炎の魔人「魔女狩りの王(イノケンティウス)」の奇襲に遭い、絶体絶命の上条だったが、そのとき昏睡状態であるはずのインデックスが目を覚まし、不思議な言葉を発し始める。