激戦の末、幕を閉じたFFI。帰国したイナズマジャパンのメンバーはそれぞれ故郷へと帰って行き、それぞれが大きな歓声で迎えられ、そして、普通の生活へと戻っていった。時は流れて、円堂たち雷門イレブンは3年間の中学時代最後の日を迎える。祖父の大介は、相変わらずどこかの国でサッカーを教えているという。円堂は卒業式と、そのあとに待ち受けるあるイベントが楽しみでしょうがない。今やFF全国大会三連覇を目指すまでになった雷門中サッカー部。河川敷、雷門中のグラウンドと、運命的な出会いの場所を巡りながら、想い出を語りあい、友情を確かめ合う円堂たち。彼らの姿をうらやましそうに眺める虎丸をはじめとした後輩たち。それぞれの想いを胸に、卒業式が始まる……。