一騎の元へ向かうため、竜宮島を飛び立った真矢と溝口。だが、海面下からバーンズ大佐率いる新国連軍が島に迫っていた。ファフナーまで投入してくる上陸部隊に対し史彦は、「人間と戦うことはできない」と抗戦を拒否。島は新国連軍に無血占領されてしまう。アルヴィスのコアを掌中に収めんとワルキューレの岩戸を開く狩谷だが、既に人工子宮はもぬけの殻だった。史彦や総士、咲良たちパイロットやスタッフは捕虜となり、地上も新国連軍兵士たちによって制圧されるなか、フィールドワークだったため難を逃れた立上芹は、浮世離れした雰囲気の見知らぬ少女・皆城乙姫と出会う。一方、フェストゥムの奇襲を受けたモルドヴァは、新国連軍の敗走が始まっていた。研究室に留まった日野洋治は、新型ファフナー・ザルヴァートルモデルを一騎の元へ届けるよう、地球人の姿をしたフェストゥム・ミョルニアに託す。ミョルニアの冷たい容貌は……死んだはずの一騎の母・紅音にそっくりだった。