ブライトンに騙され、結束力を失ったグランセイザーたち。トロイアスに対してダイセイザーへ合神できず、五式支援機士ユウヒは大破し、グランビークルを撃墜された辰平は重傷を負う。もはやトロイアスの脅威を防ぎきれないかと思われたとき、ガントラスが出現し、トロイアスを倒した。そして、疲弊したグランセイザーたちにクラウドドラゴンが呼びかけてくる。そして天馬たちは、クラウドドラゴンに内蔵された「意思」に会う。クラウドドラゴンは4億年前からの記憶を天馬たちに伝えた。グランセイザーは単なる武器ではなく、宇宙の調和の為のシステムなのだ!