『実験』の名のもとに次々と命を落としていく『妹達』。殺される運命を受け入れた彼女たちの姿と、なにより、過去の自分の行動により『実験』が成立している事実に、美琴は深く罪の意識を抱く。そして布束との再会を機に、美琴は計画に携わっている研究機関に対して、ただひとり、戦いを挑んだ。サイバーテロを仕掛け、直接、施設に忍び込み、打撃を与え続け――。そんな張りつめた戦いの裏側で、様子のおかしい美琴を心配する黒子。相談すらしてもらえない自分の無力さに悩みながらも、研究機関で相次ぐ不審火の報告を聞き、パトロールに出かけた彼女は、『幸運のカード』を探す子供たちと出会う。