『樹形図の設計者』――学園都市が誇る、『未来予測』すら可能な超高速演算装置。すべての始まりであるそのハイテクコンピュータをハッキングし、忌まわしき計画を阻止しようと施設に赴いた美琴は、そこで衝撃の事実を知ってしまう。すでに、『樹形図の設計者』は何者かの攻撃を受けて大破、稼働していない――。自分の為すべきことを見失った美琴は、半ば自暴自棄になりながらも、手近な施設に襲撃をかける。『樹形図の設計者』が壊れてしまったのならば、計画に関わるものをすべて潰してしまえばいい。だが、破壊の限りを尽くす彼女の目に映ったのは、施設内でモニタされていた実験の光景で――。一方、見失った御坂妹を探すうち、上条は、路地裏で信じられない光景に遭遇する。