すべての始まりの原因となった自分が、計画を止めなくてはならない。そのためには死を選ぶことすらためらわない――。そう決意する美琴を、ボロボロになりながらもなんとか止めた上条。そして、彼は「みんなが笑っていられる幸せな結末」をつかみ取るために、ミサカたちがいる次の実験場へと走る。待ち受けるのは、学園都市最強の『超能力者』一方通行。身の程を知らずに立ち向かってくる『最弱』上条当麻に対して、『最強』一方通行の容赦のない攻撃をが叩き込まれ……。時がすこし経ち、上条を追ってようやく戦いの場にたどり着いた美琴。そこで見たものは意外な光景で――!