フェブリを回収しようとしている何者かの存在。そして、フェブリが『科学的に作られた人造物』であるというカエル顔の医者の言葉――。フェブリを巡る状況は、にわかにきな臭さを増してくる。そしてミサカから伝えられる、フェブリの『姉』の存在と、『学習装置』の痕跡。暗部が関連している可能性を示唆されたことで、佐天たちに真実を伝えられないでいた美琴だが、婚后の何気ない一言を受けて、皆でフェブリを救おうと決意する。警備員ですら触れることも許されない、学園都市の深い闇。その存在を知らされてなお、佐天たちは真っ直ぐにフェブリを救うための方策を考え始め――。