ゴッドガイスト――。宇宙の均衡が崩れるとき、それを正すために現れるといわれるガイストである。突如、GCG本部に現れた伝令ガイスト、マイクマ(マイク・マーキュリー)。マイクマをかいして語られた5体のゴッドガイスト、ゴッド・バルドル、ゴッド・クロノス、ゴッド・ブラフマー、ゴッド・ヒノカグツチ、ゴッド・アトゥムの話によると、地球で眠る「カオス」が目覚めることにより、全宇宙が滅亡の危機にさらされるという。「……本来ならば、地球人類と接触する予定はなかったが……この星を守護する、気高きガイストたちの願いなのだ……」宇宙を守るため、カオスごと地球を破壊しようとしていたゴッドガイストたちは、レジェンドガイストであるヤマトガイスト、五大龍の願いを聞き、ガイストクラッシャーたちの覚悟を試し、カオスと戦うチャンスを与えるかどうかを見極めようとしていた。