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スキュラを将軍に返してマイケルと共に自由になろうとするリンカーン。一方、兄弟の母クリスティーナは「将軍を消して組織を変えれば自由になれる」と主張する。マイケルは両者と対立、家族は三つ巴の戦いとなっていくが…。その一方でクリスティーナはスキュラの技術の実用化に否定的な意見を持つサンディンスキー博士の拉致を計画していた。
脱獄、逃亡、そしてまた脱獄。これまで常に“逃げる”ことに徹してきたマイケルたちが、とうとう絶対的権力を握る組織に自ら戦いを仕掛けていく! もちろんマイケルの頭脳明晰ぶりは健在。過去の脱走計画に勝るとも劣らない、アッと驚く侵入計画とは? シリーズ最高傑作との呼び声も高い、ファイナル・シーズンの幕がいよいよ上がる!
2008-2009年/アメリカ/46分/日本語字幕版
製作総指揮:ポール・シェアリング
製作:ブレット・ラトナー
キャスト:ウェントワース・ミラー、ドミニク・パーセル、ロビン・タネイ、サラ・ウェイン・キャリーズ