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時は神化40年代――日本では巨大宇宙人、スーパーロボット、妖怪などの「超人」たちが活動していた。怪事件を起こす一方、破壊を食いとめて人を救うこともある「超人」たち。その登録と保護を任務とする「超人課」所属の人吉爾朗は、喫茶店でウェイトレスをする星野輝子のスカウトに来た。彼女は「魔女っ子」タイプの超人なのだ。その眼前で正義の超人グロスオーゲンとS遊星人の戦いが始まり、爾朗と輝子も参戦を余儀なくされる。