全日本ガンプラバトル選手権全国大会決勝戦は、トライファイターズの優勝で幕を下ろした。決勝戦後、セカイは突然修行の旅に出てしまう……。それから数日後、ガンプラビルダーズ・コンテスト『メイジン杯』が開催される。ガンプラ・ビルダーとして、ミナトとの決着をつけるため、ラルさんとともに会場に現れたユウマはフミナと合流する。そこには、かつて地区予選大会や全国大会で戦ってきたライバルたちも集まっていた。メイジン杯の表彰式が始まり、オープン・コースを制したのはユウマの作品であった。ユウマの授賞を喜ぶフミナの元に、修行の旅に出ていたセカイも戻ってくる。一方、審査結果に納得のいかないミナトはメイジンに異議を唱える。それを受け、メイジンは2人に決着をつけさせるため、ガンプラバトルのシステム装置を起動させるのであった。