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ホームズ探偵学院の裏側に広がるヨコハマ大樹海で、アイリーンという小学生が行方不明者になった。ミルキィホームズとG4がその捜索に乗り出すが、シャロと明智が二次遭難してしまう。一端捜索は中止になるが、何とかシャロを助けようと、その夜学院に無断で夜のヨコハマに出ようとするコーデリアたち3人。だが、怪盗帝国の罠にはまって身動きがとれなくなってしまう。一方、シャロと明智はとある洞窟の中でアイリーンと出会う。アイリーンがヨコハマ大樹海に足を踏み入れた理由を聞き、何とかアイリーンを助けようと誓うシャロ。翌日3人でヨコハマ大樹海からの脱出を試みるが…。