残る魔水晶はあと一つ、《パンドラの遺跡に眠る魔水晶》だ。プロフェッサー・Cが奪ったシグマ・ドライブの力で竜巻が発生し、巻き込まれたジョーカー達は50年前にタイムスリップしてしまう。そこパンドラ王国では、世界征服を企み、遺跡の扉を開く「パンドラの鍵」を奪おうとする連邦の諜報部員エージェント・クローバーと、それを阻止しようとするフランス諜報部員エージェント・シルバーが戦っていた。若き日のシルバーハートに出会い驚くジョーカー。しかし、エージェント・シルバーはジョーカーをかばってエージェント・クローバーの電撃ガンに倒れ、エージェント・クローバーはパンドラの鍵を使って《魔水晶》を手に入れてしまう。