ゴッドライディーンはゴッドバードとなり、次元の彼方へ飛び去った。だが、今回の戦いで、街は破壊しつくされ、多くの人々が犠牲になった。しかも、瑠璃を救えなかった事で心に深い傷を負った主人公・飛翔は、仲間の前から姿をくらまし、消息不明となる。それから一年――。飛翔を探して世界中を巡っていたエースは、故郷のニューヨークに辿り着いていた。そんな彼の前に、突如、死んだと思われていた聖人が現れ、戦いを挑んでくる。命懸けの死闘を繰り広げるエースと聖人。そして、傷ついた聖人は、次こそエースの命を奪うと言い残し、飛び去る。はたして、その真意とは? 大きな謎をはらみながら、ライディーン戦士たちの新たなる戦いの幕が切って落とされた――。