何とか螺旋丸を完成させ、サスケの弟子となったボルトの修業が始まった。だがサスケは、父親の鼻を明かすことばかりを考え、修業がうまくいかないとすぐに解決策を聞き出そうとするボルトに厳しい。そんな中、イワベエやスミレたちが中忍試験を受けることを決め志願書を提出。ボルトも父親に自分の力を見せつけるため受験を決意する。
その頃、ボルトの父ナルトと同じく、その身に、膨大なチャクラが形作る獣、“尾獣(びじゅう)”を宿す“人柱力(じんちゅうりき)”のキラー・ビーが、異界から現れた大筒木一族のモモシキ、キンシキ、ウラシキの襲撃を受け窮地に立たされていた。