ルパンの新スタートを飾る物語は、あるオークション会場からルパンたちが「人魚の鱗」という幻の宝玉を盗みだす場面から始まる。 「人魚の鱗」にまつわる伝説を追うルパンたちが辿りついたのは、不老不死の女性「八百比丘尼(やおびくに)」が封印された日本海の孤島。しかし不死の力を手に入れようとする冷酷な悪党・氷室も、「八百比丘尼」の宝を手に入れようとしていた。 そんな中、ルパンの弟子になりたいという少女・麻紀と、彼女が姉のように慕う謎の力を持つ少女・美沙が現れて…。それぞれの思惑に、ルパン一世の思い出まで絡んだ物語は、興奮のエンディングまでノンストップで走り抜ける。