「なんとなくわかったよ―君は失うことを恐れているんだね?」
季節は秋へ。異形の怪物「シャドウ」と、主人公・結城 理をはじめとした
特別課外活動部の戦いにも終わりが近づこうとしていた。
「影時間」を終わらせるために「シャドウ」との死闘を重ねていく理たち。
戦いを通し、あるものは仲間や家族の死と向き合い、
あるものは守るべき大事なものに気付き、
また、あるものは自分たちのこれまでの戦いの意味に葛藤する。
そして、理のまえには謎の転入生・望月綾時が現れる―。
新たな朝を迎えた時、再び運命の歯車はまわりはじめる。
それぞれの繋がりを巡る戦いが始まる―。