江戸の人々が一丸となって、虚を追い詰める。何度倒されても立ち上がる銀時たちがついに虚を討ち果たす。敗北を悟った虚は、自らアルタナの穴へと落ちていった。虚との激闘から二年の月日が経った。空には再び異郷の宇宙船が飛び交い、通りでは天人たちがふんぞり返り歩き、かつての江戸が戻ってきた。二年前、宇宙から落ちてきた天鳥船はぎりぎりのところで激突を免れ、地球は救われた。ぼろぼろの廃墟と化した江戸も、復興の甲斐あって以前の姿を取り戻しつつある。「万事屋銀ちゃん」の屋号を残し、ひとり万事屋を続ける新八。そこへ「パパ」と呼びかける子どもの声が!?