ウラシキを追う途中、大筒木一族が使う奇妙な道具の力に巻き込まれたボルトとサスケは、ボルトが生まれるずっと前―― “過去”の木ノ葉隠れの里にやってきた。ウラシキを追跡中にたどり着いた思いがけない場所に驚くボルトとサスケ。だがそこにウラシキの姿はなく、ボルトは初めて目にする風景に興味をそそられる。サスケは敵の動向がわからない今は慎重に行動すべきだと考えるが、ボルトはどこ吹く風で。 そんな中ふたりの前に現れたのは子供時代のナルトと師匠の自来也!? さらにボルトとサスケは、里に現れたよそ者として尋問を受け……?