宇宙世紀0077年、連邦への反逆の狼煙となった「暁の蜂起」。その責任を取ってジオンの士官学校を辞したシャアは、地球で不思議な力を持つ少女、ララァ・スンと出会う。一方、アムロの父テム・レイは、ジオンのモビルスーツに対抗すべく、RX-78開発計画を推進する。そのさなか、恩師ミノフスキー博士が亡命するとの情報が伝わってきた。宇宙世紀0078年、キシリアの密命で集結したシャア、ガイア、マッシュ、オルテガ、ランバ・ラルは、博士の亡命を阻止すべく、月面のトワイライトゾーンで人類史上初のモビルスーツの死闘を繰り広げる。そして、時に宇宙世紀0079年――。地球から最も遠い宇宙都市サイド3は、ジオン公国を名乗り、地球連邦政府に独立戦争を挑んできた。わずか一ヶ月あまりの間にジオン公国と連邦軍が総人口の半分を死に至らしめた、動乱の時代が始まろうとしていた――。