ショッピングセンターで女性客に蔑まれた無口な放浪者キャメロン・ベイル(スティーヴン・ラック)、彼が悪意の目で女性を睨むと彼女はもがき苦しみ卒倒してしまう。警備会社コンセック社に連れ去られたベイルは自分がスキャナーと呼ばれる超能力者であることを知らされる。その頃別のスキャナー、レヴォック(マイケル・アイアンサイド)がコンセック社の会議場で人の頭部を破裂させるという事件が起こる。レヴォックは自らの能力を使いスキャナーによる世界征服を企んでいた。コンセック社の要請でレヴォック殺害を命じられたベイルは、女性スキャナー、キム(ジェニファー・オニール)と共に追跡するが、そこには自分とレヴォックにまつわる恐ろしい秘密が隠されていた・・・。