1937年。アルカトラズ島の監獄で一人の囚人が自らの喉を切り裂き、死に果てた。それから5年。父親からの資産を受け取るため、信頼に足る機関での在職証明書が必要なチャーリーは、コネを使いアルカトラズ刑務所の刑務官となった。彼が配属されたのは、懲罰房として使用されている退廃的な雰囲気が漂うD棟。前任者が残した囚人記録に疑問を抱いたチャーリーは、先輩のアルに問いただすが、記録に残らない懲罰があるのだと言い含められてしまう。その後、夜勤明けのチャーリーを待ち受けていたのは、前夜、13番房に収監された囚人ビリーの変わり果てた姿で…。