アンディは注目を集めるため、消えたエレメントの生徒「恐怖のぬいぐるみ」の話をし始めた。その夜…。

アンディが穴で発掘した謎の古文書、それは伝説の「双星の書」なのか、それとも…。

“穴”を掘るのが生き甲斐と言うアンディと、“穴”を毛嫌いをするMIX。反発し合う二人の合体は…!?

グニスを撃破され地球に降り立ったジンは、レア・イグラーの探索及び機械天使の奪取を命じられる。

ミカゲはカグラに1万2千年前の記憶を思い出させるため、再びカグラをヴェーガへ送り込もうとする。

アマタがミコノに告白できず落ち込んでいる様子をみたアンディが、トキメキイベントを計画する。

上映会イベントに突如として現れ荒れ狂うミスラ・グニス。パニック状態に陥る聖天使学園だったが…。

学園にシュレードの弾く葬送曲が重く低く響き渡る。ジンの死は大いなる悲しみをもたらしていた。

ミコノを奪おうと突如現れたカグラと、それを阻止しようとするアマタたちエレメント候補生が激突する。

ミコノ・アマタ・ゼシカたちの複雑な想いが交錯するなか、不動が新たな訓練を提案する。それは…。

ゼシカの告白により、アマタ、ミコノ、ゼシカの3人の関係が気まずい状況になってしまう。

アルテアでは戦闘に伴う次元ゲートの乱用により、アイアンシーの稼働率が低下の一途を辿っていた。

アルテアに連れ去られたMIX。救出に行こうにも既に次元ゲートは閉ざされ、開け方がわからない

MIX救出のためアルテアに潜入を果たしたアマタは、アルテアにかけられた“イヴの呪い”の真相を知る。

MIX奪還ミッション失敗で、ネオディーヴァに暗い影が落ちたままの夜、アマタは不可思議な夢をみる。

ミコノの涙に呼応するように神殿が崩れる。ついに伝説の「神話型アクエリオン」がその姿を現す――。

不動が1万年と2千年、さらにその1万年と2千年の昔から受け継がれる悠久の神話を語り始めた。

「神話型アクエリオン」を呼び起こしたカグラの前に、イズモとMI・XYが立ちはだかる――。

かつて別たれたアマタとカグラ。その二人の運命が再び交錯し、決着をつけるべく激しくぶつかり合う。

アマタたちの前に「黒いアクエリオン」が現れる。2万年と4千年前より続く神話の結末がついに紡がれる…。