君主となった渠梁は、重臣らに「魏軍との戦に備えつつも侵略を断念させる策を打ち出す」と伝える。食料も武器用の鉄も兵力も土地も少ない、貧しく弱い今の秦国では勝てないと考えたからであった。一方、公叔座の食客で弟子の衛鞅＝後の商鞅は独断で秦国を訪ねた。衛鞅は魏軍の総司令官・ほうけんと公叔座の意見の違い、公叔座の救出、秦国の救済策を渠梁に訴える。えいけんと妹・けい玉が反対する中、渠梁は秦を守るため公叔座を解放する決意をする。

公叔座の弟子・衛鞅が兄・えいけんと語る様子を見た君主・孝公は、衛鞅が提示した休戦の盟約に同意した。条件は、公叔座と衛鞅を魏国に帰す代わりに、函谷関など重要拠点を魏国に譲渡することである。盟約通り、魏国に帰った公叔座と衛鞅だが、魏軍の総司令官・ほうけんは秦国の滅亡が天下統一であると主張。これに対し、秦国を討滅しないことが覇権を握る道につながると考える公叔座は「派兵をやめて、領土の割譲を認める」「領土を完全に収めた後、機を見て策を講じる」この二段階の策を提示した。

魏国君主・恵王は六国で秦国を分割すべく、総司令官・ほうけんを全権特使に任命した。紀元前361年、魏国。ほうけんを中心に、秦国を分割する策を進めるため、六ヵ国同盟が開かれる。六ヵ国同盟締結の知らせを聞いた秦国君主・孝公は、六国出兵の報を公にし、徴発を決意。国難を前に多くの献上品が集まった。

魏国への潜入を命じられたけい玉は男装をして、「黒林」と名を変える。魏国の国都・安邑では、上将軍が有数の商人を集め、「王の軍令に従うこと」「派遣した密偵を受け入れること」「定期的な情報の報告」この3つを条件に秦国で商売を始めると発表。全ては秦国を自滅させるためであった。一方、公叔座は見舞いに訪れた恵王に、後継者として衛鞅を推薦するが、身分の低さから興味を持たれなかった。「魏国の将来のために、衛鞅を他国に出してはならない」と進言し、公叔座は息を引き取った。

秦国君主・孝公は燕・趙の密使が隴西の八大部族の1つ・西かんに入ったと噂を聞く。隴西の事情に詳しいえいけんは、西かんの族長は王を自称し、燕と趙と交流があるため、部族の中で最も危険だと伝える。孝公は魏国の策略だと察知し、将軍・車英を西かん平定の全軍大将に命じた。そして、車英は魏国の密使と扮し、西かんの族長を訪ねる。一方、魏国では景監とけい玉が薛の商人と名乗り、公子昂に取り入る。

秦国は燕と趙と手を組んだ隴西の部族・西かんを打ち破る。かろうじて勝利した秦国だが、3万人以上の死者を出した。一方、秦国に負けた魏国では、恵王とほうけんが意見の違いにより対立。燕と趙に続き、斉と楚も六ヵ国連合から脱退する。四ヵ国の脱退や、ほうけんの指揮権返上から、景監は無能の公子昂に魏国の丞相につける手を貸すと手紙を送る。後日、衛鞅に近づくため、景監とけい玉は酒場「洞香春」を訪れ、景監と衛鞅は囲碁対決をする。

ほうけんは公叔座が後継者として推薦した衛鞅を調べさせる。また、景監とけい玉も酒場「洞香春」に通い、衛鞅の動向を探った。そこで、法家の名士・慎到や申不害と酒を交わす衛鞅を目撃する。一方、丞相の座を狙う公子昂は、支持を得るべくほうけんを訪ね、諸国制覇への協力を条件に手を結んだ。だが、衛鞅の本心が見えてきた頃、ほうけんは自ら衛鞅を訪ねる。

公叔座の死後、衛鞅は囚われの身同然であった。ある日、衛鞅が公叔府に戻ると酒場「洞香春」にいた不思議な絵師の少年（＝魏の実力者の娘・白雪）が現れる。少年は衛鞅が秦国から監視されていると忠告。後に衛鞅の家を訪ねた少年は、魏の実力者である白圭の娘・白雪だと身分を明かす。そして、「韓国が改革の準備に人材を募り始めた」「斉国も改革準備に官紀を粛正した」との情報を話す。この2つの動きを聞いた衛鞅は、魏国から脱出することを決意。白雪は自らの夢を衛鞅に託し、魏国脱出の手助けをする。

魏国を脱出し、白雪と別れた衛鞅は学問の盛んな斉国へ向かった。斉国の稷下学問所にて、衛鞅は斉王の御前で行われる孟子を招いた討論会に出席。そこで、自らの法治を元に性悪説について語り、孟子を論破し注目を浴びる。衛鞅は学問所への入門を勧められるが、自らの思想が斉王の統治と合わないと考え、これを拒否。また、衛鞅の動向を探る黒林（けい玉）も密かに討論会に参加していた。その夜、黒林は衛鞅の元を訪ね、魏・斉・楚・秦で商売をしていると偽る。しかし、衛鞅は黒林を秦国の密使であると見抜く。

渠梁と景監は五玄庄主人・五玄公の元を訪ねた。そこで、五玄公が秦国宰相・百里奚の子孫である百里遥だと告白。百里遥は秦国が強国になるために必要なことは、国内外問わずに卓越した人材を探すことだと提言する。秦国・朝堂に戻った渠梁は自ら求賢令を作成。一方、韓国の甲不害の元を訪れた衛鞅は百里遥と玄奇と会う。その食事中、衛鞅は偶然にも白雪を目撃する。白雪から渠梁が公布した求賢令を渡された衛鞅は、秦国へと旅立つ。別れのとき、衛鞅は白雪への愛を初めて語る。

衰退の一途をたどる国家を改革すべく渠梁が公布した求賢令に応じ、衛鞅のほか多くの人材が秦に集まった。秦国は諸国から集まった賢人のために招賢館を建設する。渠梁が時間をかけて人材を選ぶことを伝えると、複数の賢人らがすぐに職位を与えてほしいと、これに反対。しかし、渠梁は3ヶ月分の路銀を渡す代わりに秦国内を巡り政策を報告する任命を与える。その内容を見てから、ふさわしい職位を割り当てるというものだった。その後、衛鞅は景監の館を訪問。景監は渠梁に会わせると提案するが、衛鞅はこれを辞退し、秦国内を巡る旅に出る。

秦国を巡る衛鞅は戦争で体の一部を失った村人らを目にし、身分が低いものが戦で功を立てても、帰郷後の生活はより貧しくなるだけであるという現状に胸を痛めた。ある夜、宿泊先で父親から売春相手として差し出された13歳の娘を不憫に思った衛鞅は、彼女を養妹として一緒に連れて行くことに。そして3ヶ月が経過した。秦国内を巡った書生らが次々と招賢館に戻る中、衛鞅だけが戻らず、魏に逃げ帰ったという噂も立った。しかし、景監の館にボロボロの服をまとった衛鞅が養妹と共に帰って来る。

景監から衛鞅が多くの貧しい地域を巡察し戻って来たと聞いた渠梁は、早速面会の場を設けた。しかし、期待に反して、一度目は為政者であれば誰もが知る政道、二度目は王道について語り、衛鞅の話は途中で打ち切られる。失望を隠せない景監だったが、全ては衛鞅の作戦であった。そして、船上で行われた三度目の面会時、衛鞅は覇者の道について説く。衛鞅は改革のための9項目を提案する。「強秦九論」に心を打たれた渠梁は船を引き返し、宮中にて2人は三日三晩語り合った。そして、貴族たちの反発を退け、渠梁は衛鞅に国家改革の重責を託す。

渠梁は兄・えいけんの同意も得て、国家改革の実行を決意。渠梁は求賢令により、諸国から集まった賢人たちにそれぞれ職位を与える。しかし、衛鞅は客人待遇の大臣として客卿に留めた。一冬の間、衛鞅は与えられた屋敷にこもり、国家改革案を練り上げる。一方、渠梁は旧臣を昇進または降格させ、人事を一新。そして、初春の朝議が開かれ、客卿に過ぎない衛鞅が富国強兵のための改革を発表した。甘龍ら復古派の多くが衛鞅の提案に対し反発。改革への結論が出ない中、渠梁はある石碑を見せる。

渠梁は自らの血を流した「国恥」と書かれた石碑を見せ、国家改革への決意を表明した。渠梁の気概を目の当たりにして、反発していた甘龍ら復古派も賛同。一同は石碑の前で改革と雪辱を果たすことを誓い、渠梁は衛鞅を客卿から国政の改革を司る左庶長に任命した。開府の第一として、衛鞅は「農耕奨励」「軍功叙爵」「什伍の連座」「旅客検問」そして「私闘禁止」の5項目を発令。そして、政府の改革を示すため、衛鞅はまず庶民の前で「柱を運んだ者に賞金を与える」と宣言。

夏の田植え時期が訪れると、政府より各氏族が川で水を汲むことが出来る日程が発表された。しかし、今まで優先的に水源を独占していた孟・西・白の三族は下流に水を流さず、下流の移民との間に大規模な争いを引き起こす。その結果、堰の縄が切れ、大洪水が発生、多数の死者が出る大惨事となった。現地を訪れた衛鞅の元に孟・西・白の三氏が抗議にやって来るが、衛鞅は3人を公務の妨害として3日の労役刑に処した。そして、衛鞅は首謀者、殺人者など、700人もの重罪人に死刑を求刑。その中には「国恥」の石碑を彫った白駝も含まれていた…。

渠梁は「国恥」の石碑を彫った白駝を含む合計712名の処刑について衛鞅に反論。「秦の改革のため」と渠梁を説得するが、囚われた者たちを釈放するように大勢の民が衛鞅の元に押しかける。衛鞅は「1人でも不公平な処罰が実行された場合は、自分が処罰を受ける」と宣言し、死刑を実行。その後、第二の新法として「新田法」「新国人法」「新領土法」の3つを布告。井田制を廃止し土地所有を認めること、奴隷制を廃止すること、官奴婢・私奴婢・貧農などは自由民となり土地を分配されるという。それは貴族たちにとって損害となる法であった。

第二の新法が貴族たちに不利益となる法であったため、び県では白龍（白氏の族長）が解放奴隷への耕地分与を拒否。一方、解放奴隷は貴族が土地を分けようとしないと不満を募らせ、衝突が起きる。衛鞅は新法に逆らった白龍を逮捕。そして、新法の役割を語るも、断固として白龍は納得しない。国家に忠実な秦人が、法に逆らうはずはないと妙に思った衛鞅は、要因は宮廷と官吏にあると警戒する。背後に居るのは誰か。

衛鞅が白雪と再会した中、護衛の荊南が行方不明になり、何者かが衛鞅に刃を向けている謎の絵が落ちていた。その夜、黒い服をまとった集団が衛鞅を襲撃。衛鞅が話し合いを求めると、彼らは暗闇に消えていった。一方、視察のため地方へ出掛けた渠梁と黒伯もまた、騎馬集団に襲われるが、衛鞅の命令で駆けつけた車英に救われる。車英により墨家剣士の仕業であることが判明。改革への誤解を解く必要があると考えた渠梁は、墨家へ向かう。

地方視察を続ける渠梁は、百里遥の孫娘・玄奇と再会する。墨子の弟子である玄奇は力による改革に反発。正義を行うことを目的とした墨家に正当な改革を理解させるため、渠梁は玄奇に墨家の本営である神農山への案内を頼む。渠梁が神農山へ向かったと聞いた衛鞅は、すぐさま白雪の元に駆けつけるが、既に南山へ出発した後だった。そして、春小麦の収穫時期が訪れ、太子・駟が、後に農民の反乱となる事件を引き起こす。そんな中、渠梁は玄奇に導かれ、神農山に近づきつつあった。

玄奇に導かれた渠梁は、墨家の本営である神農山に入った。一方、隴西へ向かっていたえいけんとけい玉は途中、秦から出て行こうとする多数の農民を目撃。解放奴隷の村からび県の太子府庫へ貢納された小麦に、大量の砂が混入していたことに激怒した太子・駟が、農民らを虐殺し、反乱が起こっていることを知る。えいけんとけい玉は急いで朝廷へと引き返す。全てを知った衛鞅は、太子らを監視下に置く。そんな中、太子の暴行に怒った多数の農民らが朝廷に押し掛けてくる。

太子・駟の暴行に激怒し朝廷に押し掛けた農民らに、衛鞅は新法に従うことを発表する。太子は成人前だったため、新法の規定に従い体刑は免除されるが処分すること、勤勉な農民への恩賞、そして後見役・えいけんを鼻そぎの刑に処するなど、騒ぎに関わった者全てを公平に処罰することが伝えられる。衛鞅への信頼が強くなった農民らは村へと戻っていった。一方、神農山を訪れた渠梁は、墨家の第二代総師・禽滑厘と対面し、改革への和解が成立した。

太子・駟と農民の事件について、景監は「意図的に小麦に砂を混入した者がいるはずだ」と追求しようとする。それに対し、衛鞅は「捜査を進めても成果は上がらない」と意見。一方、えいけんが鼻そぎの刑に処されたことを知った渠梁は屋敷を訪ねる。渠梁は、「改革を止め、衛鞅を処刑し、一族で秦の再興を」とまで言うが、「改革のためには兄上が必要だ」とも訴える。しかし、えいけんは「お前の兄はもう死んだのだ」と言い残して、その場を立ち去る。渠梁は、太子・駟の宮廷追放を決定する。

更なる改革は「人口増加のための移民奨励」「県制の実施」「父子兄弟が一つの家屋に暮らすことの禁止」「度量衡の統一」「新たな軍制による軍の国府直属化」が定められた。ある時、太后から「衛鞅とけい玉の婚姻を望んでいる」と聞いた渠梁は、白家の秦国店舗支配人・侯贏に仲立ちを依頼する。白雪の存在を知っている侯贏は複雑な思いであったが、その話を伝えると、衛鞅は激しく動揺。悩みながらも、巡察のために衛鞅は商於へと向かう。

白雪との婚姻を望む衛鞅は、2人で秦を去ることを決意。だが、白雪は衛鞅に「天性の才能と魂を備えている。まさに政治家になるために生まれてきた人」と話し、更に「侯贏を通じて婚姻承諾の返事をした」と別れを告げる。白雪が秦を去った後、衛鞅は大良造および上将軍に昇格し、軍事と政治を統括する命が下される。その一方、衛鞅を敵と恨むえいけんがけい玉との結婚を許してはいないことに太后と渠梁は胸を痛めていた。

衛鞅は、密偵から魏軍が集結したとの情報を入手。秦は兵力の低下で、まだ大きな戦には耐えることが出来ない。新たな軍を作ることが唯一の策だと語る車英に、衛鞅は国尉と新軍の指揮を命じた。一方、衛鞅と渠梁は北阪の盆地へと向かう。衛鞅はこの地を咸が明るい地から「咸陽」と名付け、新しい都と決めた。咸陽を後に、衛鞅とけい玉は隴西へ向かう。そこで、けい玉は、「何年も消息が途絶えている駟（太子）の行方を捜索したい」と衛鞅に相談する。そしてけい玉は一人旅立つ。

けい玉は甥である駟の行方を探り当てる。山で遭難した駟は、斉出身の書生だと身分を隠し、商於県の黒林村へ辿り着いていた。そこで、改革で村の生活が向上していること、兵士として国に貢献したい村人が大勢いることを知る。数年後、駟は世話になった夫妻や村人に見送られ、黒林村を出発。その途中、相思相愛であった娘が駟を追いかけて来たが、別れを告げられた娘は谷に身を投げてしまう。一方、衛鞅と渠梁の元に魏国が動き出したとの情報がもたらされる。

魏国では中原の覇者として復活すべく、兵を起こそうとしていた。将軍・ほうけんは「先に秦を滅ぼすべきだ」と主張。秦が成長すれば天下を揺るがす国になる。成長途中で軍隊も弱い今をおいて、秦を滅ぼす時期は無いとした。だが、秦を小国だと軽視する公子昂や太子は先に「趙・韓を攻めるべきだ」と反発。魏国王もこれに賛成した。やがて、魏軍が趙に向かったと知らせが秦国に届く。衛鞅と渠梁は秦国にとって最大の好機だと改革を進める。

秦国改革を開始してから十数年後の紀元前342年、無敵の精鋭部隊が秦に誕生。故郷と国を守り河西の地を取り戻すべく軍容を整え、来るべき戦いに備えていた。その頃、魏では韓との決戦に将軍・ほうけんが反対。「韓の狙いは、陳と宋を併呑し斉と楚の勢力を切り崩すことであり、魏の覇業を助けるだろう」と主張した。だが、決戦は決定され、総師はほうけんが務めることになる。一方、韓では申不害が斉、楚、趙と同盟し、魏の来襲に備えていた。

魏軍との決戦により、韓人の血で染まった新鄭を見た韓公は憤死し、申不害も自害。その後、国力をほぼ使い果たした韓は衰退の一途を辿る。その頃、ほうけんは韓攻めを中止し、軍を撤退していた。だが、馬陵の道にて、韓から援軍の要請を受けた斉の攻撃により、ほうけんは戦死。わずかの兵が残るも覇権を失った魏軍は大敗した。一方、魏の大敗を知った秦では、衛鞅が咸陽への遷都、今こそ魏に奪われた河西を取り戻す時だと渠梁に進言する。