瓔珞の息子である第十五皇子は何者かによって毒を盛られるが、運よく一命をとりとめる。皇太后は舒妃から、次々と皇子たちを襲った一連の災難が、我が子を世継ぎとするための皇后の仕業ではと聞かされ、皇后を厳しく叱責。一方、乾隆帝は皇太后に、瓔珞を事実上の皇后代理である皇貴妃に即位させ、病の皇后に代わって後宮を任せたいと相談していた。それを知った皇后は衝撃を受けるが、袁春望にけしかけられた弘昼に乾隆帝の暗殺を持ちかけられ…。

南巡に向かう船上では、途中から乗船した妓女（ぎじょ）をめぐり、乾隆帝と皇后の間に険悪な空気が漂う。一方、瓔珞は葉天士を捜し出し、第五皇子の治療を依頼する。葉天士は虫を使った危険な治療を始めるが、肝心の虫が異なる毒虫にすり替えられていた。毒虫は皇子の傷を害し、さらに瓔珞まで傷つけてしまう。その時、皇太后の船室から火の手があがり、船内は混乱に包まれる。そして追い打ちをかけるように、弘昼の計画どおり逆賊が船を襲撃して…。

皇后は自分を愛してくれない乾隆帝に恨みをぶつける。思惑どおり皇后と弘昼を陥れた袁春望は、何食わぬ顔で乾隆帝に命乞いをするが、密かに彼の正体を調べていた瓔珞によって、すべての企みが暴かれる。皇宮に戻った瓔珞は、第五皇子を助けようとした際に受けた毒に侵され、生死の境をさまよう。目を覚ますと、そこには傅恒とともに戦地にいるはずの海蘭察が。傅恒が手に入れた唯一の解毒剤を持ち帰った彼は、瓔珞にある知らせを届け…。

明朝初期、太祖・朱元璋（しゅげんしょう）は北元の残党を滅ぼすため、幾度も北征軍を派遣。後に永楽帝となる四皇子・朱棣（しゅてい）は、都で気ままに暮らしつつも漠北の地に思いをはせていた。その頃、北征軍の主将・李文忠（りぶんちゅう）は敵の奇襲に遭い、大敗を喫する。知らせを受けた朱元璋は常勝将軍・徐達（じょたつ）の派遣を決意するが、それにはある問題があった。

遠征の出立準備が進む中、徐達は娘の徐妙雲（じょみょううん）に朱棣との縁談話を告げる。不本意な縁談に憤る徐達だったが、徐妙雲は泰然と現実を受け止めていた。一方、自分に何の相談もなく縁組みを決められた朱棣は、己の道を貫くべく逃げ出すことを決意。朱棣が姿をくらませたことを知り、兄である太子・朱標（しゅひょう）は慌てふためき、皇宮は大騒ぎになる。

朱棣を含む援軍が漠北に向かう中、明の武将・耿炳文（こうへいぶん）らの軍は包囲されて半月が経過していた。食糧や水が底をつき、追い詰められた耿炳文は捕虜の命と引き換えに包囲を解くよう交渉することに。使者として名乗りを上げた張玉（ちょうぎょく）と盛庸（せいよう）は、北元軍の主将である拡廓帖木児（ココテムル）の娘・伯雅倫海別（バヤルンハイベ）からある密命を託されていた…。

淮西派と呼ばれる開国の功臣たちの増長に対し、朱元璋は重臣・李善長（りぜんちょう）を通じて警告を与える。一方、徐達の出兵により空位となった丞相の後任問題が浮上。朱標は才徳に長けた劉基（りゅうき）を推薦するが、朱元璋が選んだのは淮西派の文官・胡惟庸（こいよう）であった。一方、徐妙雲のもとには婚礼祝いとして諸公から多くの品々が贈られてくる。

北方では両軍共に苦しい状況が続く。戦で手柄を立てた朱棣は昇進するが、伯雅倫海別を都に送り届けて自身もそのまま皇宮に戻るよう徐達に命じられる。一方、皇后・馬（ば）氏は戦の影響で嫁たちの関係が複雑になることを懸念し、語らう場を設けていた。やがて朱棣は親族である李景隆（りけいりゅう）と共に、伯雅倫海別を連れて草原から都へと旅立つ。

朱棣と李景隆は伯雅倫海別を連れて都へ向かう途中、開封に立ち寄っていた。李景隆は現地の官吏から宴に招かれるが、参加者の１人は宴が公金によるものではないかと糾弾。李景隆は、費用は自分が出すと言い相手を黙らせる。そんな時、僧の姚広孝（ようこうこう）が色目人の弟子・鉄鉉（てつげん）を連れてその宴に現れる。折しも開封では色目人の男の手配が行われていた。

伯雅倫海別は朱棣の妹である寧国（ねいこく）公主と馬術の勝負をすることに。伯雅倫海別の見事な馬術に朱棣は目を見張る。勝負に勝った伯雅倫海別は、寧国公主に馬術を教えるという名目で女官として宮中にとどまることに。朱棣の婚姻や北征の終了を急ぐ朱元璋の動きからその目的を悟った胡惟庸は、ある帳簿を持って皇宮へ向かい朱元璋に謁見する。

朱棣は徐妙雲を訪ね、婚姻を破談にすると一方的に宣言。怒った徐妙雲の妹と弟が騒ぎ立て、兄である朱標は心を鬼にして朱棣を打ち据える。皇子としての逃れられぬ宿命を突きつけられた朱棣は、暗鬱たる思いを抱えていた。こうした中、徐達が北征から凱旋する。徐妙雲は父である徐達から朱棣に嫁ぎたいかと改めて尋ねられ…。

都を離れ南方で気ままに暮らすか、徐妙雲を妻に迎えて責任ある立場となるか、太子に選択を突きつけられた朱棣。一方、功臣の１人である朱亮祖（しゅりょうそ）は、皇帝が皇子たちに軍務を継がせる気だと知り、権力を失うことを恐れてうろたえる。やがて朱棣と徐妙雲の婚儀が盛大に執り行われるが、２人の初夜は不穏な雲行きとなり…。

朱棣は百戸という単なる部隊長の身分で鳳陽に行くことになり、王妃の徐妙雲も百戸の妻として同行すると言い出す。一方、都から食糧を運ぶ船が雨で運河を進めなくなり、追い打ちをかけるように軍の食糧庫が北元の襲撃を受ける。徐達たちは食糧庫が襲われたのは偶然ではないと思い、朝廷や軍の情報が北元に漏れていると確信する。

朱棣が上官として兵士たちとの関係を深めていく中、配下の張武（ちょうぶ）が下級役人ともめ事を起こす。役人たちが税糧を不正に徴収しようとしたうえ、張武の妻に手を出したのが原因だった。朱棣はすぐに駆けつけて役人たちを捕らえ、是非を明らかにしようと役所に乗り込む。だが、逆に騒ぎの首謀者と見なされ、投獄を言い渡されてしまう。

密偵の存在を警戒する胡惟庸は、朱元璋の意向を先読みし、新たな親軍の配置と諸王の就藩を上奏して許可される。朱元璋は朱棣たち皇子の実力を見るため鳳陽で模擬戦を行うと決め、皇子らは兵を集めて準備を始める。明を内側から切り崩そうともくろむ北元出身の王妃・王月憫（おうげつびん）は、姪の伯雅倫海別に希望を託して鳳陽へ向かわせるのだった。

二皇子・朱ソウ（しゅそう）と三皇子・朱棡（しゅこう）が就藩した一方、演武で勝利した朱棣だけが都に残ることに。疑念を抱いた胡惟庸は、配下に朱棣を見張らせる。朱棣は浮かない顔の自分を案じた徐妙雲に、朱元璋から新しい任務を任されたことを打ち明ける。それは官吏の不正を暴き残酷な手段で糾弾する皇帝直属の組織“錦衣衛”を率いる任務だった。

朱棣の第一子・朱高熾（しゅこうし）の誕生を祝して屋敷を訪れた朱元璋は、一家で北平の徐達を訪ねるよう朱棣に命じる。表向きは初孫の顔を見せるためだが、真の目的は北平に現れた探馬軍司を調査し、根絶やしにすることだった。張玉は伯雅倫海別の承諾を得て朱棣への仕官を決める。旅立つ朱棣に、朱標は決して危険を冒さぬよう釘を刺すが…。

北平で北元の間者を根絶やしにしたのち、秘密裏に中都に入った朱棣は、開中法を悪用した官吏の不正の調査を開始する。だが、特務機関の錦衣衛を率いて調べを進めるものの、確たる証拠をつかめずにいた。そうした中、張武が官吏の不正を裏付ける有力な情報を幼なじみから入手し朱棣に告げたことから、事態は大きく動き出す。

徐妙雲は息子の朱高熾を連れ都へ戻るが、朱高熾の病状は長旅で悪化してしまう。徐妙雲は都へ戻ると言いながら鳳陽へ行った理由を朱棣に問いただすが、“言えない”と返されてしまい、夫婦の間に溝ができる。一方、不正を働いた官吏を確証もなく次々と捕らえ処罰する朱棣と錦衣衛に批判が集まり、朱標は弟の暴走に頭を悩ませる。

徐妙雲は朱棣を救うため皇后・馬氏に会いに行くが、雨の中で倒れてしまう。朱元璋の恩情により朱棣は拘禁を解かれ、恵済寺に移されることに。軽い処分に朱亮祖は怒りが収まらない。恵済寺に到着した朱棣は、僧の道衍（どうえん）から、各地の官吏が税糧を納めに上京することを知らされる。それは朱棣が待ち望んでいた好機の到来だった。

朱棣ら錦衣衛の活躍により、“空印”を利用した官吏の不正が白日の下にさらされる。朱元璋は大規模な粛清を実施。朱亮祖父子を含め、万を超える者が処罰の対象となった。淮西派の公侯たちは戦々恐々として李善長に助けを求めるも、李善長はこれを拒み、吏部尚書の呂本（りょほん）にある密命を下す。呂本が訪ねたのは牢獄にいる胡惟庸であった…。

一連の事件で多くの者が処罰され、朝廷や各地の役所は深刻な官吏不足に陥る。そんな中、朱標は弟である朱棣のもとを訪れ、世間の非難は全て自身が受け止めると伝える。朱棣は兄の思いに感じ入り、深々と頭を下げる。一方、朱元璋は官吏の登用を進めて欠員を埋めようとするが、世の中は緊張を極め、出仕を希望する者はわずかだった。

胡惟庸を巡る事件の影響を断ち切ろうと、皇帝や皇子たちがそれぞれの立場で苦慮する中、太子の長子・朱雄英（しゅゆうえい）が病に倒れる。痘瘡（天然痘）だった。感染を恐れて尻込みする女官たちを前に、皇后の馬氏は自ら進んで孫の看護を引き受ける。朱雄英の異母弟の朱允ブン（しゅいんぶん）は先祖の霊前で兄の回復を必死に祈った。だが、その祈りもむなしく…。

十数年ぶりに科挙が実施される中、北平では北元軍の襲来が頻発していた。その動きが著しく統率を欠くことから朱棣らは違和感を抱き、草原へ偵察に出る。そこで目にしたのは、異様な光景であった。朱棣に仕える朱能（しゅのう）は、北元の王の葬儀だと推測する。北平城に戻った朱棣は、病に倒れた徐達から北平軍の指揮権を委ねられる。

徐達は好物である鵞鳥の丸焼きを食べ、程なくこの世を去る。相次ぐ親しい者たちの死に朱元璋は嘆き悲しむ。そんな中、朱棣が北元の高官を捕らえて帰還する。朱棣は更に漠北に切り込みたいと上奏するが、李善長ら官吏は朱棣の功労を評価せず、良将による漠北の平定を朱元璋に進言する。そして北征の主将に選ばれたのは…。

冷遇されていた武将・藍玉（らんぎょく）は、北元の残党を壊滅させたことで再起を果たし、傲慢さに拍車がかかる。藍玉は敵の馬を朝廷に献上せず私物化し、その行いを朱棣に咎められて２人は険悪な空気に。朱標は分を弁えない藍玉にいらだつが、朱元璋から皇族と老臣の不和は都合がよいと助言され、藍玉に新たな爵位を与えることにする。

朝廷で再び北征の気勢が上がる中、出征を熱望する朱棣は朱元璋に自らの思いを上奏する。奏状から朱棣が示す暗意を読み取った朱元璋は、藍玉を大将軍に、朱棣と朱棡を左右の副将軍に任じて出征を命じると同時に、２つの詔を朱標を介して老将・傅友徳（ふゆうとく）に託す。詔は互いに遺恨を抱える藍玉と朱棣にそれぞれ宛てたものだった。

乃児不花（ナルプファ）たちの窮状を悟った朱棣は、傅友徳と共に乃児不花の大営を包囲。張玉を使者に立てて降伏を勧める。乃児不花は張玉が藍玉の手先になったと誤解して責めるが、張玉は自分が燕王の配下となり、燕王の命で交渉に来たことを明かす。にわかには信じられない乃児不花は、罠ではないと証明したいなら燕王自ら天幕に来るよう求める。

旧臣の湯和（とうわ）は、功臣たちが農民から多くの田畑を購入していることを朱元璋に告げる。李善長は朱元璋が鳳陽の人口と租税を調査したことを知り、なす術がないと悟ると、仲間の功臣たちと共に退官することを決意。そして仲間のため朱元璋に田畑の下賜を頼みに行くが、断られてしまう。憤慨した李善長は朱元璋を“暴君”と罵り…。

朱棣は投獄された李善長が詠んだ詩を解読し、朱元璋への意思表示だと気づく。詩を聞いた朱元璋は立腹し、李善長と７人の功臣の処刑を決める。一方、朱標は朱元璋に藍玉の赦免を願い出て認められる。それを知った朱棣は朱元璋に激しく不満をぶつけ、足早に北平へと帰ってゆく。引き止められなかった朱元璋は涙を浮かべ本音を漏らすのだった。