サンアントニオ記念病院のERのナイトシフトを担当する医療チームは、元陸軍医師を中心とするつわものぞろい。

胸部に銃弾を受けた瀕死の保安官補がERに緊急搬送される。保安官補は、かつて戦場でも胸を撃たれ、TCが心臓移植で命を救った男だった。

ドリュー（ブレンダン・フェア）は、格闘技の試合でけがをしたことを隠し勤務に臨む。TCは狩猟中の事故で手を切断しかけた男の再建手術を決断。

宗教上に理由で治療拒否をする男性が大けがをして搬送されるが、ドリューはその意志を無視して治療を始める。

大嵐が町を襲った日、トファーの妻は、出産の兆候を感じて病院へ向かうが、その途中、道路脇で立ち往生してしまう。

リックがアフガニスタンから帰国するが、兵士を乗せた軍のバスは事故を起こし、リックは片足を切断するかどうかという大けがを負う。

小型機の墜落事故が発生。TCとトファーは救命処置を始めるが、重傷の乗客の男は大量のドラッグを所持していた。

銃弾を受けた瀕死のトファーを救うため、TCは緊急手術を始めるが、TCはアフガニスタンで銃弾を受けて死んだ兄を思い出し精神が不安定になっていた。

立てこもり事件をきっかけに過去のトラウマが蘇り、錯乱状態でオペ室に乱入したことから停職処分となっているＴＣ。

妻を誤って撃ってしまった男性キースが妻を抱えてＥＲに駆け込んでくる。

車の衝突事故で複数の患者が搬送されてくる。高校生のテイラーとライアンは、交際に反対する親に黙って結婚式を挙げてきたという。

オフィスの清掃中に感電した男性ミゲルがＥＲに搬送されてくる。

霧の濃い夜、鉄砲水で岩に打ち付けられた妹アビーと、助けようと水に飛びこんだ兄ブレイクがＥＲに運び込まれる。

工場で配管の破片でケガをした青年オーレンがＥＲを受診。

義姉アニーを自宅に泊めたＴＣが目覚めると、アニーは階段下に転落して意識を失っていた。

ビルの爆発事故で大量の死傷者が出て、ＥＲは目の回るような忙しさに見舞われる。

自分の娘アマンダに腕を刺された男性フランクが、錯乱状態の娘と一緒にＥＲに搬送されてくる。

ジョーダンとクリスタは、学会の会議に向かう夜道でバイク事故に遭遇、瀕死の負傷者を治療しようとするが、近くに病院がなく…。

車の衝突事故の連絡が入り、グウェンとケニーが現場へ駆けつける。

発熱で病院に搬送された９歳の男の子イーサン。ジョーダンとグウェンは過保護な母親リサに呆れるがイーサンの様子がおかしいことからリサの虐待を疑う。

トファーは、従軍中に自分たちの命を救ってくれた現地人の通訳アリを心臓病から救うため、ＴＣとともにアフガニスタンへ。

倒れたジョーダンは脳卒中であることがわかり、スコットが治療にあたる。ＴＣも帰国し、ジョーダンに付き添うが、依然として昏睡が続く。

「ナイトシフト」がシーズン3として戻ってくる。サンアントニオ記念病院のナイトシフト（夜勤）チームは…

ナイトシフトのチームは若い自動車事故の犠牲者を必死に捜索。一方、アフガニスタンにいるドリューとシドにも窮地が訪れる。

アフガニスタンから帰国したドリューだったが、元の環境にも順応する必要があった。トファーのところには、母親が訪ねてくる。

陪審評決に人種差別があったとする抗議が大惨事を引き起こし、サンアントニオ記念病院の夜勤チームに試練がふりかかる。

ジョーダンはある患者と仲良くなり、特別な絆を築く。一方、ベランダから転落した大学生が運び込まれてくるが…

史上類を見ない記録的な暑さが続く中、ナイトシフトチームとそれぞれの両親は騒動に巻き込まれる。

地元で開催されていたコンサートの会場で花火が暴発し、ER（救急救命室）には次々と患者が運び込まれる。

トファー（ケン・レオン）の母親が命に係わる症状を抱えてERにやって来る。ドリューとシャノンは、重傷を負った養母の治療にあたるが…