右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、乗り込んだタクシーで血液の付着したマフラーを発見。運転手から直前の乗客の情報を聞き出すと、問題の男が帰宅前、唐突にロープを買っていたことが分かる。不穏な空気を察して追跡すると、男は両親の遺産を食いつぶして暮らす堂島（矢柴俊博）という独身の遊び人と判明。

大学構内に爆発物を仕掛けた男が、警察を挑発する動画を送りつけてきた。男は顔を隠そうとしないどころか、自ら素性を明かすような行動を取ったため、犯人は問題の大学に籍を置く平山翔太（山本涼介）という学生であることが判明する。右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、同大学で先月、女子学生が実験中に死亡する事故があったことを知り、爆弾事件との関連を捜査。

右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、泥酔して路上で寝込んだ男性から財布を盗んだ中年男（有薗芳記）を逮捕。男は、のらりくらりと素性を隠すが、所持品から思わぬ物が。それは1か月ほど前、河川敷で他殺体となって見つかった、伊藤（阿南健治）という男性の財布だった。捜査を担当していた県警によると、遺体の身元が分からず、捜査が行き詰まっていたという。

ある日、特命係に警視庁職員の健康を管理している保健師・吉崎弘美（桜木梨奈）が乗り込んでくる。面談を先延ばしにしている右京（水谷豊）と、そもそも診断を受けていない薫（寺脇康文）に釘を刺しに来たのだ。そんな折、特命係に、『20年前の連続通り魔事件の犯人が動き出す』と書かれた告発文が届く。20年前といえば、若い女性を狙った強盗事件が7件連続で発生した時期。

伊丹（川原和久）が、夫も子もある女性に横恋慕。大河内（神保悟志）の聴取を受けていた。発端は二日前に起きた殺人事件。投資会社勤務の大久保という男性が自宅で殺害され、『え』『つ』と読める血文字が発見された。容疑者として浮上したのが、篠塚というチンピラ。2年前、ひったくりで逃走中の篠塚を、取り押さえたのが大久保だった。

白いコートの女“丑三つのキョウコ”に出会ったら最後、心臓をえぐり取られて殺される…。という噂がSNSで流布され、動画まで拡散していた。都市伝説に興味津々の右京（水谷豊）に対し、薫（寺脇康文）は否定的。そんな中、フリースクールの入口で、胸を刺された男性の遺体が発見される。殺害されたのは、同校の代表を務める男性。

右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、角田（山西惇）に頼まれ、宝石窃盗グループの一斉逮捕に参加。取り逃がした犯人を、しらみ潰しに捕まえる継続捜査にも協力する。そんな中、容疑者の一人が、黒いコートを着た女（橋本マナミ）に追い掛けられ、歩道橋から転落死する事件が発生。その直後、右京と薫は、転落死した男のアパートで黒いコートの女に遭遇するが、事情を聞く前に姿を消してしまう。

全国の美術館で窃盗が相次ぎ、広域重要指定になっていた事件が、窃盗団を一網打尽にしたことで解決された。しかし、解決に貢献したのが“捜査権のない民間の探偵社”ということで、警察上層部は怒り心頭。お灸を据える意味で、『熟年探偵団』を名乗る三人組を、建造物侵入の容疑で逮捕する。執行猶予付判決を受けたのは、大門寺（斉木しげる）、串田（佐藤Ｂ作）、野崎（井上肇）の熟年トリオ。

ある日の昼下がり、右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）が車で住宅街に出ていたところ、突然、小学生くらいの男の子に声を掛けられる。その子供は、父親とみられる南野（駒木根隆介）という男性と一緒で、「財布を落として帰れないので、家まで乗せてほしい」という。要望に応えて、マンションまで送るが、右京は2人の様子に違和感を覚える。同じ頃、都内のアパートで住人が刺殺される事件が発生。

右京（水谷豊）は、薫（寺脇康文）とともに“情熱の画家”牧村遼太郎の展覧会を訪問。ナイフを手にした男が、『椿二輪』という油絵を切り裂き、来場者に怪我を負わせる事件に遭遇する。『椿二輪』は、遼太郎が自身と愛人を二輪の花に例えたといわれる遺作で、完成直後に心中を企てた曰く付きの作品だった。

美和子（鈴木砂羽）が取材先の民家で襲われる事件が発生。さらに、現場からホームヘルパーの男性の遺体が発見される。室内を物色した形跡や手口から、窃盗犯の仕業と思われた。美和子は、その家に住む柳沼勝治（忍成修吾）という元受刑者の妻を取材しようとして事件に巻き込まれたらしい。勝治は15年前、通り魔殺人を犯し、長年服役していたが、間もなく出所となった半年前、脳梗塞で倒れ、寝たきりに。世話は、獄中結婚した聖美（陽月華）という女性が担っていた。美和子の取材テーマは、その妻の心境を掘り下げることだった。

薫（寺脇康文）は、海外渡航前から顔馴染みだったゲイバーのママ・ヒロコ（深沢敦）と再会。ところが、その矢先、公園で男性の遺体を発見する。男性は鬼塚という著名なルポライターで、妻はノエル美智子（大島さと子）というペンネームで少女向け小説を手掛ける人気作家だった。鬼塚の手には、なぜか美智子のデビュー作が握られており、何らかのダイイングメッセージとも思われた。

美和子（鈴木砂羽）が薫（寺脇康文）の態度に腹を立て、夫婦喧嘩が勃発。美和子の一方的な提案で、自然豊かな山荘に泊まり掛けで夫婦カウンセリングを受けることに。その件に興味を持った右京（水谷豊）は、「プロフィールだけ貸してほしい」と小手鞠（森口瑤子）に頼み、夫婦を装って参加する。カウンセラーは、橘志織（銀粉蝶）という女性。

イベント会社経営者の撲殺遺体が、死後3日たって発見された。被害者は、出資金だけ奪うあくどい商売をしていたようで、恨みによる犯行と思われた。現場を訪れた右京（水谷豊）は、一人の少年がその建物にカメラを向けていることに気付く。調べると、数年前から毎日欠かさず同じ建物の写真がSNSにアップされていた。

裏カジノ運営疑惑のあるイベント会社社長が刺殺される事件が発生。内輪揉めか対立組織の仕業と思われたが、初動の聞き込みでは、「亡霊に呪い殺された」という不可解な証言も。“亡霊”に興味を持った右京（水谷豊）が、薫（寺脇康文）と共に動き出すと、被害者は死の直前、「呪いのビデオを見た」と言っていたことが分かる。

右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、角田（山西惇）から頼まれ、奥多摩の山中に足を運ぶ。大きな物音がしたという通報の確認を押しつけられたのだ。ところが、山間の集落で聞き込みをしていたところ、二人は何者かの襲撃を受けて拉致されてしまう。監禁場所を抜け出すことには成功するが、襲撃犯の目的も人数も不明で、スマホなどの通信手段も奪われていた。背後から追跡者が迫る中、右京と薫は敵を惑わすため二手に別れる。しかし、そこは地図もコンパスもない山の中。二人は遭難寸前の状態で歩き回ることに。

“13”を名乗る犯人から、「日本を再生不能にした戦犯を処刑する」というメッセージが、全国各地の“被害者”宅に一斉に届けられる事案が発生。13が言う“戦犯”とは、いずれも故人のことで、“処刑”は遺骨を叩き潰すこと。被害者は遺骨を盗まれた遺族だった。遺骨の盗難は、去年から断続的に起こっていたが、警視庁は事件の全容が不明瞭であるという理由から隠蔽。

警察庁から捜査権を与えられ、遺骨盗難事件を追っていた右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、わずかな手掛かりから犯人が学校関係者ではないかと推理。鉄道マニアの米沢（六角精児）に協力を要請し、“13”を名乗る犯人グループがたどったルートの解析に掛かる。同じ頃、尊（及川光博）と美彌子（仲間由紀恵）は、密かに初会合を設け、それぞれの思惑を交錯させていた。

ある夜、杉下右京（水谷豊）は小手鞠（森口瑤子）と共に、亀山薫（寺脇康文）と美和子（鈴木砂羽）のマンションを訪れる。料理教室に通い始めた美和子が、腕前を披露したいと招待したのだ。もう一人、招かれていたのは、料理教室で知り合った上原阿佐子（栗山千明）という女性。

甲斐享（成宮寛貴）と笛吹悦子（真飛聖）の息子・結平（森優理斗）が、学芸会の演劇で主演を務めることになり、祖父の甲斐峯秋（石坂浩二）は早々に会場入りし、開幕を待っていた。学芸会といっても立派なホールを借り切っての催しで、峯秋は孫の晴れ舞台に、社美彌子（仲間由紀恵）とその娘・マリア（土方エミリ）も招いていた。

阿佐子 （栗山千明）が捜している失踪中の婚約者は偽名を使っていて、実は鶴見征一（市川知宏）という公安部の捜査員だったことが判明する。鶴見は3年前、自ら志願して『微笑みの楽園』という宗教団体に潜入。しかし、その後、『微笑みの楽園』側に取り込まれ、懲戒免職になったという。公安部長は、保身のため、それを隠蔽していた。

化学メーカーの研究員が、猛毒の神経ガスで殺害される事件が発生。右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、下足痕の捜査に駆り出される。そのさなか、道端に人気キャラクター“ほっぺ丸”のぬいぐるみが、不自然に落ちているのを発見した2人は、事件性の有無を確認するため、持ち主を捜索することに。結果、小学生の男の子を持つ丹生初音（映美くらら）というシングルマザーに行き着くが、様子がおかしい。何者かに脅されていることを察知した右京と薫は、誘拐事件を疑い、手分けして捜査を開始。

特命係に配属された過去があり、薫（寺脇康文）とも面識がある、捜査二課の刑事・陣川 （原田龍二）が、特命係を訪ねてくる。また女性絡みの事件に巻き込まれ、右京（水谷豊）を頼ってきたのでは？と勘繰っていた矢先、風変わりな一報がもたらされる。公園の雑木林で男性の遺体が見つかったものの、周囲にスズメバチが飛び交っているため、現場検証どころか、近づくことすらできないらしい。

都内のうらぶれた地下道で、頭部を負傷した男性の遺体が発見された。警察は、何者かと揉み合って階段から転落したと見て捜査を始める。被害者は、フランチャイズ弁当店の店長。残されていた手帳には、本社の社員から受けていたと思われるパワハラの実態が生々しく書き記されていた。捜査一課は、その店を担当していた内田（前原滉）という本社の社員から話を聞くが、実際に指導していたのはチーフ社員だとかわされる。

右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）が連れ立ってクラシックコンサートに向かっていたところ、血まみれの女性に遭遇。部屋をあらためると、ナイフが胸に突き刺さった男性の遺体が。署で事情を聞くと、女性は小さな劇団を主宰する久保崎美怜（藤井美菜）という女優で、死亡した男性は数日前、オーディションで審査員を務めていた舞台演出家だという。

匿名で5通もの“ラブレター”を受け取った美和子（鈴木砂羽）は、色めき立って、右京（水谷豊）に差出人の割り出しを依頼する。その様子を横目で見ていた薫（寺脇康文）は、不機嫌モード。そんな中、伊丹（川原和久）と偶然、路地裏で出くわした薫は、喉を切られて死んでいる男性を発見。その手には、“亀山美和子様”と書かれた封筒が握られていた。被害者は、美和子が行きつけにしているカフェの店員で、封筒の中身は持ち去られていた。

角田（山西惇）が課長を務める薬物銃器対策課に、所轄から桐生（小林亮太）という若手刑事が異動してきた。所轄では、特殊詐欺の拠点を二度にわたって突き止めるなど、腕利きと評判で、首席監察官の大河内（神保悟志）も一目置くほどの人物。いっぽう右京（水谷豊）は、薫（寺脇康文）とのランチの帰り、とある路地のアパートで不審な部屋を発見。

ある休日。右京（水谷豊）は、著名な美術コレクター・道明寺（小林隆）とチェス喫茶で一局交え、その策士ぶりに舌を巻く。いっぽう、薫（寺脇康文）は美和子（鈴木砂羽）と共に、陶芸教室に参加。講師は“アート界の若きエース”と評される女性芸術家で、図らずも道明寺がかつて支援した人物だった。そんな中、道明寺のコレクションルームで男性の遺体が発見され、美術品がすべて持ち去られる事件が発生。

『特命係の杉下右京（水谷豊）』を名指しで、匿名の情報提供がある。それは、「17年前に起きた当時5歳の少女の誘拐事件の犯人は殺された」という投書だった。問題の事件は、老舗デパート蔵本屋の令嬢・里紗（潤花）が睡眠薬で眠らされて連れ去られた経緯から、週刊誌が“眠り姫誘拐事件”と煽り、世間の耳目を集めた事件だった。

サイバーセキュリティ対策本部の土師（松嶋亮太）が、特命係に奇妙な動画を持ち込んでくる。土師いわく、スイスの高山・マッターホルンの山中で“完全犯罪”が行われた証拠映像だという。動画には、「善ちゃん」と名乗る配信者が何者かに襲われ、テント内で息絶える姿が映し出されていた。現場がスイスでは完全に管轄外だが、興味を持った右京（水谷豊）は、薫（寺脇康文）とともに独自の捜査を開始する。