新専従捜査班に新人・坂下路敏（小瀧望）が配属された。東大卒のキャリア組だが、新専従捜査班を、天樹悠（東山紀之）を筆頭としたエリート集団と認め、自ら希望して配属されてきたというのだ。爽やかでフレッシュで、いい子に見える新人の登場を歓迎する面々。教育係は水田環（倉科カナ）が務めることに。そんな中、大学教授が胸を万年筆で刺される殺人事件が発生する。

不動産会社の経営者・征木健也（小久保寿人）が合コンの途中、撲殺死体で発見される。天樹悠（東山紀之）らがさっそく現場に臨場する。被害者の財布からは現金が抜かれ、アクセサリー類も奪われていたことから、物取り目当ての犯行の可能性も示唆する。一方、坂下路敏（小瀧望）は、たまたま現場に居合わせた飛び降り自殺者の身辺を調査することに。

ある夜の公園。暗闇に浮かぶオレンジの光が、上下左右に揺れながら、上昇した後、不意に消える――。翌朝、その公園で磯村正彦（宮澤佑）の刺殺体が発見される。現場を訪れた天樹悠（東山紀之）、海老沢芳樹（田辺誠一）、坂下路敏（小瀧望）、そして青山新（塚本高史）は、街灯がひとつもない場所で争った形跡がないことから、顔見知りの犯行も視野に入れる。

ある撮影所。日本刀片手の俳優・巻乃竜也（八神蓮）とボウガンを持った女優の濱田梨沙（三津谷葉子）が対峙している。やがてシーンは動き、ボウガンが巻乃に向かって発射されるが、なんと、その矢は本物で…。天樹悠（東山紀之）、海老沢芳樹（田辺誠一）、そして青山新（塚本高史）が現場に臨場する。

介護施設・ドクダミ園の入所者である友田重治（田山涼成）が、早朝の森林公園でスポーツジムのインストラクター・梅田翔也（神田穣）の刺殺体を発見する。さらに、現場から30mほど離れた場所で、ドクダミ園の職員に配られているバッヂが見つかる。第一発見者が同施設の入所者ということもあり、捜査1課は新専従捜査班に応援を要請。

新専従捜査班では、坂下路敏（小瀧望）が《政界のプリンス》と称され、人気を博す文部科学大臣の村富耕一郎を引き合いに出し、片桐正敏（吉田鋼太郎）の勤務態度やリーダーとしての資質を非難していた。同じ頃、警視庁・首席監察官室。片桐は正木哲也首席監察官（山田純大）に呼び出されていた。

古い一軒家で母子二人、仲睦まじく暮らす西野晃（柾木玲弥）と清美（中島ひろ子）。ある日、晃の携帯に見知らぬ番号から電話が入る。それは、両親が離婚してから13年間も離れて暮らし、まったく会っていなかった父親・中山信二（池田成志）が亡くなったとの警察からの知らせだった。天樹悠（東山紀之）と野々村拓海（白洲迅）が見守る中、晃は遺体安置所で信二と無言の対面を果たす。

遺族に遺留品を届けるべく、坂下路敏（小瀧望）と野々村拓海（白洲迅）は奥多摩の山を登っていた。この遺留品は、6カ月前に大学時代のサークル仲間たちと朝日を見に行くためにナイトハイクに出かけ、その道中、山道から足を踏み外し後頭部を強打して死亡した小柳早智（森田涼花）の物だった。

広大な屋敷に住む大地主の資産家・篠宮武（陰山 泰）の遺体が、自宅の浴室で発見される。入浴中に、スタンガンを湯舟に投げ込まれたことによる感電死だった。屋敷を調べる天樹悠（東山紀之）ら新専従捜査班メンバーは、防犯カメラのコードが切断されていることなどから、計画的な犯行も視野に入れる。

人気のない路地裏。坂下路敏（小瀧望）が、怪しげな男・小室（鷲尾英彰）に現金を渡している。小室は金を数え、不敵に笑うのだった。一方、新専従捜査班に、交番勤務の巡査部長・山岸正武（鶴見辰吾）が撃たれたという知らせが入る。天樹悠（東山紀之）をはじめ、新専従捜査班メンバーは現場に向かうが、そこには犯人と争い、なぜか交通標識を掴んだまま息絶えている山岸の遺体が。

“元”専従捜査班・野々村拓海（白洲迅）は物足りない日々を送っていた。警視庁の花形部署でエリートが揃う捜査一課七係に異動し、念願の正真正銘、刑事職に就くことができたのだが、 警視庁も大きく変化し、業務の効率化を重視する捜査方針で、事件当日でさえも定時に帰されていた。捜査資料はすべてデータ化され、刑事資料係はその役目を終えたため、それに伴い、片桐の一言で専従捜査班も解散していたのだ。

2件の連続殺人事件を捜査していた拓海（白洲迅）は、窮地に陥っていたところを、天樹（東山紀之）たち元専従捜査班の面々に救われ…元専従捜査班チームが再集結。片桐（吉田鋼太郎）のもと、天樹、拓海をはじめ、海老沢（田辺誠一）、環（倉科カナ）、青山（塚本高史）は新たに発足した刑事部特別捜査係として動き出すことに。

路地裏で男性の刺殺体が見つかった。臨場した警視庁特別捜査係刑事・天樹悠（東山紀之）は、被害者の所持品から宮城県の地方紙の切り抜きを見つける。半年前に白石市内の山中でキャンプしていた大学生2人が新種の毒キノコを食べ、ひとりが死亡したことを報じた記事だった。刺殺体を解剖した堂本俊太郎（北大路欣也）は、記事のことを聞くと……一瞬表情を変える。

夕方、天樹悠（東山紀之）ら専従捜査班のもとに、廃屋で男性の刺殺体が見つかったという知らせが入った。翌日、10年目の挑戦となる昇進試験を受ける予定の海老沢芳樹（田辺誠一）は定時で退庁しようとしていたところだったが、天樹たちとともに急遽、現場に向かう。殺されたのは投資会社社長・友永三郎（金井成大）で、容疑者は宝石店窃盗事件で実刑判決を受けたものの、収監前に逃亡し手配中だった登戸和馬（味方良介）。

休日、片桐正敏（吉田鋼太郎）は、別れた妻・朝山恵美（安藤玉恵）のもとで暮らす高校生の娘・朝山美央（茅島みずき）と、月に一度の“デート”を楽しんでいた。その日は美央のリクエストで映画を観に行く予定だったが、当の美央はアルバイト先のファミリーレストランから出勤要請が来たといってそそくさと帰ってしまい、片桐はうなだれる。落ち込んだのも束の間、美央が携帯電話を忘れていったことに気づいた片桐はあわてて娘のバイト先へ。

不動産業者・尾原喜一郎（春海四方）の遺体が発見された。後頭部に損傷が見られたものの現場に血痕がないうえ、見つけやすい場所に放置されていたことから、天樹悠（東山紀之）は、犯人が別の場所で殺害後、犯行現場を隠す意図でここまで遺体を運んできたものと考える。尾原は仕事のかたわらボランティア活動にも精を出し、周囲から“仏の尾原”とよばれていた。そんな好人物が、誰になぜ殺害されたのか…？

都下にある資産家宅の一室で、西園寺大輔（近藤公園）と家政婦の佐藤愛（水崎綾女）は、大輔の母である屋敷の主・和子の遺体をスーツケースに詰めようとしていた。実は、大輔と愛は遺産目的で共謀して和子を毒殺。和子が軽井沢の別荘でひとり薬物自殺を図ったと見せかけるため、急ぎ遺体を軽井沢まで運ぶ計画を立てていたのだ。ところが、そのとき屋敷のドアベルが鳴った。

天樹悠（東山紀之）たち専従捜査班のもとに、一通の手紙が届いた。「役立たずの警察へ。14年前の事件の犯人は私だ。今度こそ捕まえてみろ」と警察を挑発する文章が記されていたほか、髪の毛とヘアゴムが同封されていた。DNA鑑定の結果、それらは14年前の事件の被害者のものと一致する。その事件とは、7歳の女の子が大型スーパーの屋上から何者かに突き落とされたというものだった。

女子大生の刺殺体が公園で発見された。遺体の首筋に人間のものと思しき歯型が残されているのを見た天樹悠（東山紀之）は、がく然。ひとり考え込んだ挙句、行先も告げずにふらりと単独捜査に出てしまう。青山新（塚本高史）は、いつもとどこか違う天樹の様子が気にかかる…。実は、天樹は25年前の事件を思い起こしていたのだ。片桐正敏（吉田鋼太郎）によると、それは天樹の刑事人生で唯一“黒星”を喫した、“かみつきジャッカル事件”とよばれるものだという。

百野冬美男（小日向文世）は神経質で臆病者、トラウマだらけ…と不器用で“欠点”ばかりの男だが、刑事としては至極優秀。これまでペアを組んでいた万城目千鶴（森口瑤子）が刑事課長に昇進したため、新たに新人刑事・一ノ瀬貴一（工藤阿須加）と捜査に当たるよう命じられるが、もともと他人と行動を共にするのが苦手な百野にとっては苦痛でしかない…。

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