目安箱に、新たな投書が届いた。依頼は、陸上部内にいるいやがらせの犯人を突きとめる事だった。

連日、格闘技系の部活に体験入部を繰り返す善吉は、「生徒会の部活荒らし」と噂されていた。

柔道部部長の鍋島猫美から、阿久根高貴と善吉を取り替えっこしよう！ という申し出を受けるめだか。

生徒会は、部費の増額予算総取りをかけて「部活動対抗水中運動会」を執行する。

各部の意地とプライドが絡むなか、生徒会執行部VSトビウオ三人衆の対決の行方は…？

競泳部との兼任を条件に、1年11組所属の喜界島もがなは生徒会執行部の会計に就任する。

風紀委員会の鬼瀬は、生徒会のメンバーに対して服装の乱れを指摘するのだが…。

雲仙はオーケストラ部への苦情を処理するため、音楽室に赴くめだかと対峙するのだが…。

雲仙風紀委員長の前に立ちはだかる、「乱神モード」のめだかとは…？

校舎を破壊しながら続くめだかと雲仙の戦い。その戦いを見守ることしかできない善吉たちは…。

雲仙との戦いに辛勝しためだかは、向かった病院でそのまま入院することになり…。

都城王土より投書を渡されためだかは、その誘いを受けるべく、自身のバージョンアップを決意する。

目安箱から溢れる投書の数々、全て十三組がらみの内容であった。大きく動き始める“フラスコ計画”。

生徒会メンバーたちの前に現れた男は“フラスコ計画”の研究成果をまとめたUSBメモリを見せつける。

迷宮に続く実験施設で待ち構える、新たな“十三組の十三人”の一人、宗像形。物腰こそ穏やかだが…。

一人捜索を進める阿久根の背後に、元クラスメイトの名瀬夭歌とその親友の古賀いたみが迫る。

舞台を地下四階に移しながら繰り広げられる戦いの最中、阿久根は古賀の不意打ちを受けてしまう。

“フラスコ計画”の続行を宣言した黒神くじらは、そこに現れためだかと六年ぶりの再会を果たす。

行橋未造の催眠ガスで、倒れていく生徒会の面々のなかで、一人立ち上がったのは喜界島もがなだった。

黒神めだか（改）の前に立ちはだかる善吉。戦いのなか、めだかは完全となるべく自身の過去を振り返る。

完全復活し、決意も新たに打倒“フラスコ計画”を宣言するめだかを、王土はその最深部へと案内する。

都城王土を撃破しためだかの前に、突如現れた球磨川禊。そして語られる球磨川禊の物語…。