仮想空間へのフルダイブが実現した《ナーヴギア》初の本格的なVRMMORPGが世界の注目を浴びていた。

デスゲームが開始されてから一ヶ月が過ぎ、すでに二千人ものプレイヤーが命を落としていた――。

モンスターに襲われたギルド・月夜の黒猫団を救ったキリトは、暖かな雰囲気にひかれ団の一員になる。

パーティメンバーと喧嘩別れしたビーストテイマーのシリカは、森でモンスターに遭遇してしまう。

アスナはSAO屈指のギルド・血盟騎士団の副団長として最前線に立ち、攻略は第五十九層まで進んでいた。

キリトとアスナは、システム的に不可能な殺人事件“圏内事件”の究明に取り組むものの…。

鍛冶屋のリズベットの武具店に、予算は気にしないで最高の剣を作ってほしいという客がやってきた。

キリトが手に入れたS級のレア食材をアスナが調理することになり、キリトはアスナの部屋に招かれる。

アスナとキリトは第74層のボス部屋を発見するが、ボスの姿を目にするや即座に撤退することに…。

キリトはアスナの自由を賭け、血盟騎士団団長・ヒースクリフとデュエルで決着をつけることに。

アスナは血盟騎士団を一時退団し、キリトと第二十二層の湖畔沿いにあるログハウスで暮らしはじめる。

キリトとアスナは、≪軍≫の管理者・シンカーが迷宮に置き去りにされたと聞き、彼の救出を引き受ける。

釣りが趣味だというニシダと意気投合したキリトは、彼と湖に生息するというヌシ釣りに挑むことに。

第七十五層のボスを撃破した≪攻略組≫の面々だったが、多大な犠牲を支払ったためその表情は暗く…。

ヒースクリフとの死闘のすえ、キリトこと、桐ヶ谷和人は現実世界へ帰還した。しかし、アスナは…。

和人は、エギルが差し出したVRMMORPG「アルヴヘイム・オンライン」のキャプチャ画像に目を奪われる。

シルフのプレイヤー・リーファは、プレイヤー狩りをするサラマンダーたちに襲われていたところ…。

リーファは、《アルヴヘイム》の中央にそびえたつ《世界樹》までキリトを案内することに。

《世界樹》をめざしてキリトたちが進むなか、リーファの元に友人のレコンから1通のメッセージが届く。

シルフとケットシーは極秘の領主会談を開催するが、内通者の手引きによりサラマンダーに襲撃される。

キリトたちは《世界樹》のふもとにある《アルヴヘイム》最大の都市《央都アルン》にたどり着いたが…。

ユイがアスナのプレイヤーIDを感知した。《世界樹》の上部にアスナがいるというユイの言葉にキリトは…。

リーファの正体を知った和人。さらに直葉の想いを打ち明けられ、自分が妹を傷つけていたことに気づく。

キリトとユイは《ALO》全プレイヤーがめざす《世界樹》の頂上に到達し、アスナと再会を果たす。

オベイロンと決着をつけた後、ログアウトした和人は、明日奈が入院している病院へと向かう。しかし…。