衛鞅は、密偵から魏軍が集結したとの情報を入手。秦は兵力の低下で、まだ大きな戦には耐えることが出来ない。新たな軍を作ることが唯一の策だと語る車英に、衛鞅は国尉と新軍の指揮を命じた。一方、衛鞅と渠梁は北阪の盆地へと向かう。衛鞅はこの地を咸が明るい地から「咸陽」と名付け、新しい都と決めた。咸陽を後に、衛鞅とけい玉は隴西へ向かう。そこで、けい玉は、「何年も消息が途絶えている駟（太子）の行方を捜索したい」と衛鞅に相談する。そしてけい玉は一人旅立つ。

けい玉は甥である駟の行方を探り当てる。山で遭難した駟は、斉出身の書生だと身分を隠し、商於県の黒林村へ辿り着いていた。そこで、改革で村の生活が向上していること、兵士として国に貢献したい村人が大勢いることを知る。数年後、駟は世話になった夫妻や村人に見送られ、黒林村を出発。その途中、相思相愛であった娘が駟を追いかけて来たが、別れを告げられた娘は谷に身を投げてしまう。一方、衛鞅と渠梁の元に魏国が動き出したとの情報がもたらされる。

魏国では中原の覇者として復活すべく、兵を起こそうとしていた。将軍・ほうけんは「先に秦を滅ぼすべきだ」と主張。秦が成長すれば天下を揺るがす国になる。成長途中で軍隊も弱い今をおいて、秦を滅ぼす時期は無いとした。だが、秦を小国だと軽視する公子昂や太子は先に「趙・韓を攻めるべきだ」と反発。魏国王もこれに賛成した。やがて、魏軍が趙に向かったと知らせが秦国に届く。衛鞅と渠梁は秦国にとって最大の好機だと改革を進める。

秦国改革を開始してから十数年後の紀元前342年、無敵の精鋭部隊が秦に誕生。故郷と国を守り河西の地を取り戻すべく軍容を整え、来るべき戦いに備えていた。その頃、魏では韓との決戦に将軍・ほうけんが反対。「韓の狙いは、陳と宋を併呑し斉と楚の勢力を切り崩すことであり、魏の覇業を助けるだろう」と主張した。だが、決戦は決定され、総師はほうけんが務めることになる。一方、韓では申不害が斉、楚、趙と同盟し、魏の来襲に備えていた。

魏軍との決戦により、韓人の血で染まった新鄭を見た韓公は憤死し、申不害も自害。その後、国力をほぼ使い果たした韓は衰退の一途を辿る。その頃、ほうけんは韓攻めを中止し、軍を撤退していた。だが、馬陵の道にて、韓から援軍の要請を受けた斉の攻撃により、ほうけんは戦死。わずかの兵が残るも覇権を失った魏軍は大敗した。一方、魏の大敗を知った秦では、衛鞅が咸陽への遷都、今こそ魏に奪われた河西を取り戻す時だと渠梁に進言する。

秦の新都は咸陽へと移され、失地回復へ向けて着実な歩みを進めていた。「秦は勝てる」と、一気に魏を攻める考えの車英に対し、渠梁は「油断してはならぬ」と慎重であった。渠梁は、まず住民の調査をし、1ヶ月以内に咸陽の守りを固めておくよう命じた。一方、魏では秦軍が河西に入ったと情報が入る。河西の戦略について議論するも、公子昂や太子と将軍・龍賈の意見は反発するばかりであった。そんな折、河西返還を求め衛鞅から挑戦状が届く。

秦の本営では、魏の公子昂が出陣したとの知らせが届く。先に進軍していた龍賈軍を全滅させれば、魏軍は恐れおののく可能性がある。そして、過去の例から公子昂は退却するに違いない。だが、魏軍の主力となる鉄騎部隊を逃せば、河西を奪回しても東部と函谷関は取り戻せないだろう。そのために、今回の戦で魏の主力部隊を倒し、一度で決着すると衛鞅は命令する。秦の領土から魏軍を撤退させるべく、衛鞅率いる新秦軍は動き出した。

衛鞅は公子昂に和議を求めるが、公子昂はこれを受け入れなかった。そこで、衛鞅は公平に戦で決めることを提案。ついに衛鞅率いる新秦軍と公子昂率いる魏軍が決戦の時を迎えた。山の上から両軍を観戦する衛鞅と公子昂。結果、圧倒的な強さで新秦軍が勝利した。そこで、衛鞅は人質とした公子昂に魏王へ手紙を書かせ、秦の旧領地の返還を求めることに。一方、この事態を知った龍賈は新秦軍との戦を決断し、河西へと向かう。

紀元前340年、対魏軍との戦に勝利した秦は河西の地を取り戻し、黄河の天然要塞を手中に収めた。秦は改革大成と戦勝に喜び、戦に参戦した全将兵は昇格。衛鞅には商君の称号が授けられる。喜びに溢れる秦国内では、各地で祝いの宴が行われ、咸陽には次々と祝いの品が届く。だが、衛鞅改め商鞅は新法に基づき、昇進に対して私的な贈与を行ってはならぬと法に禁じられた贈り物は返還すると宣言。そんな矢先、渠梁が病で倒れる。

今後の秦が進むべき道について、渠梁は強国を作り、天下統一をすることだと考えていた。渠梁の考えに対し、商鞅は「法治は名君を生み、暗君を退ける」と説く。渠梁は更なる20年後を共に歩もうと乾杯を求めるが、商鞅は新法の礎が根付いた今が去り時だと辞職を願い出た。商鞅の辞職に悩む渠梁は、景監に商鞅が何かやり残したことがないかと尋ねる。すると、景監は10年余前に商鞅と結婚を約束した娘・白雪の存在を明かす。

商鞅は白雪、初めて会う息子と対面。別れから13年もの歳月が流れていた。商鞅は渠梁から辞職の許しを得たことを打ち明け、そして白雪と永遠の愛を誓う。だが突然、顔を隠し、加勢を連れた男が商鞅を襲撃。白雪と荊南の活躍により難を逃れるが、声に聞き覚えがあった商鞅は、正体が秦の元太子右傳・公孫賈だと睨んだ。そんな折、商鞅に「渠梁が重病だ」と知らせが届く。「秦のために」と言う白雪の後押しもあり、商鞅は秦へと向かう。

白雪と再会した商鞅だったが、渠梁が重病であると知り、急いで秦へと引き返した。商鞅は渠梁に、「太子・贏駟を探し、世継ぎを決めるべきだ」と話す。商鞅は景監や車英らに、贏駟を尋ねること、新法で裁かれた罪人の現況を調べること、そして新法で降格となった官吏の現況を調べ上げて動向を把握することを命じた。全ては有事に備え、国の安定を図り、秩序を守るためである。一方、各地を巡る贏駟は白山という青年と会い、ある真実を知る。

景監と商鞅の調べにより、贏駟の居場所を知った渠梁は自ら迎えに行き、両者は対面。そして、渠梁は贏駟を連れて咸陽へと戻る。一方、商鞅は新法で裁かれた罪人の元太子右傳・公孫賈の行方を追っていた。贏駟は隴西の北地を巡った後、関中へと戻り、び県白村に滞在していたことが判明。その際、旅の書生らと論文を記し、竹簡を県府へと送っていた。渠梁は自分が犯した罪を反省し、別人となった駟を認め、正式に太子として任命する。

名医・扁鵲により、渠梁は「活力の病」と診断される。異常はないが全ての臓器が衰弱してしまうという。扁鵲はその原因が精魂を傾けすぎたこと、切迫した全てのことを一気に解決しようとする重圧、恋患いをしていると告げた。そして、渠梁の余命が半年だと知った商鞅はけい玉に何か心残りがないか尋ねる。すると、渠梁の思い人で百里老孫娘・玄奇の存在を明かした。兄を思い、身重のけい玉は玄奇を探す旅に出るが…。

商鞅は太子・駟のもとを訪ねた。改正を加えれば新法は更に完璧になると意見する駟に、商鞅は秦が統一を果たし太平の世となった時に初めて法を変えられると述べる。そんな折、六国の特使が秦に来訪。彼らの目的は太子が新法を貫くか探ることだと商鞅は推測した。一方、渠梁はけい玉から太后が遺言を残していたことを知る。「贏虔は国の大きな災いとなる。密かに殺せ」と書かれていた。その遺言を実行すべく、渠梁は内密に兵を動かす。

自分が殺されることを察知した贏虔は、胡人の名医から人を死んだように見せることが出来る薬を入手する。最長で10ヶ月。確実に生き返る保障はなく、失敗した場合、人体はただの血と化すという。そして、渠梁は「贏虔が死んだ」と知らせを受ける。一方、太后の遺言を守り贏虔暗殺の意図があったことを知った商鞅は、法治を裏切ることが国を滅ぼすことに繋がると非難した。その頃、太子・駟の元に鉄仮面を被った楚の商人が訪ねて来る。

視察のため函谷関を訪ねた渠梁が倒れる。「わが秦は必ず法治を貫け。人治はならぬ」と遺言を残し、志半ばにして渠梁は永眠。紀元前338年、享年46歳であった。これにより、太子・駟が新公に即位。だが、渠梁の死により、二代にわたり秦公に仕えた黒伯は墓前で殉死、王軾は剣を振り回し取り押さえられ、景監はショックのあまり寝込む。一方、渠梁の死を知った魏国では、河西奪回に向けて再び動き出そうとしていた。

渠梁の死を機に、甘龍は新法により没落した貴族たちを集め、失われた勢力を取り戻そうと密かに動き始める。甘龍からの要求は1つ。国政において復古主義者の権力を復活させるため、法の遵守を大義とし、横暴な官吏を消し去ることであった。そして、甘龍は新公に異議申し立てのため参内。商鞅が法に背いて独断で王軾の罪を軽減したこと、改革により商鞅が公正を欠き多くの冤罪者を出していると訴える。戸惑う新公は贏虔を訪ねる。

旧貴族の動きを知るも、商鞅は彼らの名誉回復に反対。景監は新公に商鞅の考えを伝えるが、秦の根幹を成すため恨みを買ってはいけないと異論。段階的な名誉回復の実行が可能であれば、法の範疇で旧貴族を納得させた上に国の安定を図ることも出来ると意見する。同時に、商鞅が退官を考えているため、秦の法と安泰が侵されぬ限りは国政に関与しないと告げた。一方、甘龍のもとに秦の元太子右傳・公孫賈が現れる。

商鞅はけい玉とともに商南へ向かう。そして、渠梁が商鞅護衛のために残した軍を解散し、秦軍へ戻るように命じた。秘密裏に大軍を持てば国中が疑念を抱き、内紛も起きかねない。新法が秦に根付いた今、国民からの信頼を裏切ることは出来ないと説く。一方、甘龍は商鞅が私軍を動かしたと考え、新公に「法に背く行動だ」と訴えていた。新公は商鞅を咸陽へ連れ戻すため軍を派遣。この動きを知ったけい玉は新公が商鞅を疑ったと激しく非難する。

咸陽へと向かう商鞅は途中、魏にいる白雪に会いに行こうとする。だが、魏との国境付近にて公子昂が現れ、「影の参謀となり一生仕えれば、白雪との暮らしを約束する」と提案。だが、商鞅は「逆に自分に仕えた方が楽に暮らせる」と嘲笑い、その場から去った。その頃、荊南から商鞅の状況を聞いた白雪は、息子・子嶺と梅姑を墨家へ連れて行くよう託し、単身で咸陽へと向かう。一方、商鞅は囚われるのを覚悟で、自ら延尉府に赴いた。

商鞅を思うがあまり病に倒れたけい玉を、景監と車英は牢にいる商鞅のもとに連れて行く。商鞅はけい玉を救えるのは玄奇しかいないと景監と車英に頼み、「秦のため3年は辞めてはならぬ」と遺言を残した。一方、商鞅への陰謀をめぐらす甘龍らを、商鞅の名誉を守りに来たという刺客が襲う。彼の要求は、「残酷な刑を科さぬこと」「民による埋葬を認めること」そして「処刑場には祭壇を置くこと」の3つ。そして、従わなければ命はないと脅し…。

新公・駟が不在のまま、甘龍と景監を中心に朝議が開かれる。商鞅の処罰を決めるためであった。甘龍らは車裂の刑を要求し、新公に書を送る。朝議では処罰に対する意見が分かれ、決議に至ってはいないと新公は、太師府と延尉府で合議の上決定すると命を下した。そして、新公は牢にいる商鞅を訪ねる。朝議により旧貴族らが酷刑を望んでいることを伝えると、商鞅は「自分の死が秦にとって有益ならば悔いはない」と答えるのであった…。

慶暦（けいれき）元年、“祈川寨（きせんさい）の戦い”で大敗を喫した“北宋（ほくそう）。2年後、禁軍の都頭（ととう）・梁竹（りょうちく）は私怨も重なり、1人生き残った元伯鰭（げんはくき）を捕らえる。元伯鰭の異母弟・元仲辛（げんちゅうしん）は太学院の学生であったが、兄の仕える樊（はん）宰相の失脚により退学となる。処分に不服を申す学友・王寛（おうかん）は元仲辛に同行する。そんな折、謎の美女から妓楼への招待状を受け取り…。

元仲辛（げんちゅうしん）と王寛（おうかん）、殿前太尉（でんぜんたいい）の息子・韋衙内（いがない）が一夜を過ごしたのは、妓楼ではなく荒れ寺だった。彼らをこの場所に招き監禁したのは、謎の美女・趙簡（ちょうかん）。3人は芝居を打ち従うふりをするが、突然、王寛は趙簡を許婚だと紹介する。趙簡は開封（かいほう）に潜入した敵国・遼（りょう）の間者を捕らえるために協力を求めるが、元仲辛は兄の解放と報酬5万貫を要求する。

王寛（おうかん）と韋衙内（いがない）は拉致され、連行された場所で対面する。そこは宮中の秘閣（ひかく）という名の学院だった。秘閣の学長・陸観年（りくかんねん）は王寛と韋衙内に入学を勧めるが、訳ありの元仲辛（げんちゅうしん）の入学は難しいと言う。一方、客と妓女を装った元仲辛と趙簡（ちょうかん）は、敵を釣り上げようと街を歩く。しかし、元仲辛は趙簡を騙してわざと身元を示してある者と接触する。

遼の間者・韓断章（かんだんしょう）と手を組み、趙簡（ちょうかん）を捕らえた元仲辛（げんちゅうしん）。趙簡は元仲辛を殺せば秘閣の内幕を話すと、韓断章に交渉を持ちかける。そんな中、元仲辛と趙簡の失踪により禁軍が出動した街は混乱状態に。王寛（おうかん）と韋衙内（いがない）、秘閣に在学する裴景（はいけい）と薛映（せつえい）は陸観年（りくかんねん）からの命令で、失踪事件の解決に当たる。一方、元仲辛は傀儡団とある作戦を決行する。

目的の達成に近づいた元仲辛（げんちゅうしん）は、韓断章（かんだんしょう）を逃がそうとする。しかし、韓断章はわざと捕まるために開封（かいほう）に来たのだと不可解なことを言いだす。元仲辛は計画どおり趙簡（ちょうかん）を連れて都を出ようとするが、拘束されていたのは彼のほうだった。兄のためにどうしても秘閣に入りたくない元仲辛は、王寛（おうかん）たちの目の前で井戸に身投げしてしまう。

韋衙内（いがない）の父で殿前太尉の韋卓然（いたくぜん）は、梁竹（りょうちく）率いる禁軍を攻撃したとして元伯鰭（げんはくき）を捕らえようとする。陸観年（りくかんねん）は元伯鰭に助け舟を出し、元仲辛（げんちゅうしん）を秘閣へと勧誘する。行き場のない元仲辛は観念して秘閣へと向かうことに。しかし、案内された場所には石壁が立ちはだかっており、元仲辛は秘閣への入り口を自ら探しださねばならないと分かり…。

秘閣・第7寮の寮長に趙簡（ちょうかん）と王寛（おうかん）、韋衙内（いがない）が立候補したため、5日間の講義を受けた後、3人の師匠により選任されることに。1人目の師匠は元仲辛（げんちゅうしん）のよく知る老賊（ろうぞく）で、裏社会についての講義を受け持つ。2人目は追跡の達人である軍人・岳（がく）。元仲辛はある計画を立てていたのだが、3人目の師匠はまさかのあの人だった。