父親に殺されかけて記憶をなくしたキム・スヒョンは、殺し屋パーベルに育てられて腕利きのキラーに成長する。やがて認知症を煩ったパーベルのミスによりスヒョンはロシアマフィアに追われる身に。そんな中、相棒のフィリップを通じて、一人始末するごとにスヒョンの過去にかかわる手がかりを提供するという、謎めいた殺人依頼が舞い込む。

スヒョンは依頼どおりユ・デホンを殺害する。一方、志願配属により事件の捜査チームに合流したト・ヒョンジンは、本件が過去の連続殺人と関連すると睨み、唯一の目撃者の少女を探そうと独自捜査を続ける。そんな中、過って猫をひいたヒョンジンは慌てて飛び込んだ動物病院で、殺害現場近くで遭った獣医のスヒョンと再会する。

スヒョンたちが住むビルにヒョンジンが引越してくる。引越し早々、大家の女子高生スルギを遺産目当ての親戚から救い出したヒョンジンは、調査過程でスルギの過去を知り、余計な詮索をするなとスヒョンに釘を刺される。一方、ヒョンジンの父のト会長は殺された3人に19年前に殺したはずのコ・ヒョヌの影を感じて苛立っていた。

ユ・デボン殺害の証拠を怪しむヒョンジンは仕事中に母に呼び出され、亡き娘の代わりにト家に来た日のことを思い出して苦しむ。そんな中、捜査チームはロシアマフィアが絡む国際的な人身売買組織を追うことに。遂に組織のアジトに乗り込んだヒョンジンは、カリモフ二世と対峙し、間一髪のところを覆面をした謎の男に救われる。

ある雨の日、「子ども時代の友達の誕生日を祝いたい」とケーキを持って訪ねてきたヒョンジンとの会話から、スヒョンは幼い頃の記憶をたどる手がかりである紙飛行機との不思議なつながりを感じる。スヒョンの過去にも関わる19年前、成功のため手段を選ばないト会長は、秘密を知り会社を離れた研究員コ・ヒョヌの殺害を企てていたのだった。

19年前に殺害したコ・ヒョヌを、一家心中の逃亡犯に仕立て上げたト会長とチョ院長は、事件にかかわった３人が殺害されたことを把握し、殺したつもりだったコ・ヒョヌの生存を確信する。一方、スヒョンはスルギを襲ったカリモフ二世を追い詰めて始末するが、ショックを受けたスルギは９年前に祖父が殺され、スヒョンに助けられた日のことを思い出していた。

９年前、スルギの祖父とミン記者に続いてパーベルに殺されかけたスルギを、自分が面倒を見ると言い助けていた人物はスヒョンだった。一方、ト会長はソ議員から、ハンソル養護施設から消えた88番の子どもの行方をネタにゆすられ憮然とする。そんななか、ヒョンジンの上司として、検察庁から風変りなユン検事がやってくる。

次の殺しの標的であるソ議員の書斎でハンソル養護施設の児童名簿を発見したスヒョンは、88番の子どもの記録を目にし、フィリップが調べた古い事件記事を頼りに養護施設に向かう。一方、カリモフ二世の死と未解決事件のつながりが見えてきたヒョンジンもまた、ユン検事がくれた資料を見てハンソル養護施設に赴く。

過去にハンソル養護施設にいたことや紙飛行機の少女イ・ヨンウンのことを思い出したスヒョンは、施設跡地の秘密の場所でヒョンジンの姿を見つけ驚く。スヒョンの素性を怪しむヒョンジンもまたスヒョンたちを自宅に招いて反応を見るのだった。ハンソル養護施設隠ぺいに躍起になるト会長はソ議員の手下のパク・テスに関係者を消せと命ずる。

コ・ヒョヌが、スヒョン以外に事件から生き残った保育士とスルギの存在を知った頃、保育士から連絡を受けたスヒョンが道を急ぐも一足遅く保育士はテスにより殺害されてしまう。一方、スヒョンに自分がハンソル養護施設出身であることや、88番の子どもへの思いを明かしたヒョンジンは、情報屋が提供した写真からスルギが唯一の目撃者だと確信する。

9年前のことが知りたいとスルギに詰め寄るヒョンジンを制止したスヒョンは、出掛けたヒョンジンの跡をつけ、パーベルが殺したミン記者と彼女の関係を知る。期日の夜、ソ議員殺害を中止したスヒョンはフィリップにキラーでいることに飽きたと告げる。一方、ヒョヌは自分の依頼が遂行されなかったことに憤りスヒョンへの制裁をジヘに告げる。

ト会長は、ソ議員が第二のハンソル養護施設を探していることを知り、テスに殺害を指示する。スヒョンはある写真を手掛かりに過去のことを思い出し、ヒョンジンたちを守るため「詮索すれば母娘を殺す」という依頼人と戦うことを決める。そんな中、ヒョンジンはモンタージュを見てスヒョンへの疑いを新たにし、動物病院へ向かう。

ダム建設により水没予定地となったウォルチュ里。村は混乱し、争いが絶えなかった。そんなある日、村人のビョンリュル（ソンヒョク）に連れられ、ある男（（チョン・ホジン）が姿を現した。名門大学の元教授だというその男は、無知な村人たちの悩みを次々と解決し、一瞬で村人の心をつかむ。その頃、ウォルチュ里の問題児ミンチョル（オム・テグ）が、刑期を終えて村に戻ろうとしていた。

村人の相談役として、しばらく村に滞在することになった元大学教授の男。教授職を引退した今は、教会で長老を務めているという言葉を聞き、村人たちは空き倉庫を教会として使ってもらうことにする。一方、元大学教授チェ長老の説得を受け、嫌々ながらウォルチュ里へやって来たソン牧師（キム・ヨンミン）は、村の不良たちに絡まれ、出所したばかりのミンチョルに助けられるのだが…？

ソン牧師を迎え、教会の建設が始まったウォルチュ里。チェ長老の教え子たちと共に、工事は着々と進むが、ビョンリュルはその中の1人の背中に入れ墨を発見する。一方、ソン牧師から奪った宣教献金で賭博をしたミンチョルは、いかさま師によって一文無しになってしまう。そして、いかさまを暴こうと騒ぎを起こし、自分を目の敵にしているシン所長（チョ・ジェユン）と再会することに…。

妻ジンスク（オ・ヨナ）とチェ長老が知り合いであることに気づいたビョンリュル。2人に共通する秘密“ア・ドゥマン”とは何か？その秘密を探るべく、ソウルへと向かったビョンリュルは、チェ長老と関りのある何者かに追われ、危機に陥る。一方、ジンスクの出産をきっかけに、ソン牧師は村になじみ始め、出産を手伝ったミンチョルの妹ヨンソン（イ・ソム）に好意を持ち始めるが…。

細かい気配りで村人から絶大な信頼を得ていくチェ長老。教会も完成し、ソン牧師による礼拝が始まる。しかし村の長を務める里長（イム・ハリョン）は、村人が自分よりもチェ長老を頼り始めたことに不満を抱き、あらゆる手段で村人を教会から遠ざけようとする。一方、賭博でダマされ全財産を奪われたミンチョルは、これを取り返すために執念でいかさま師らを捕まえようとするが…。

久しぶりに家に帰ったミンチョルは、兄を毛嫌いする妹と大喧嘩になり、追い出されるように家を出て行く。村人たちはミンチョルを見て怯え、再会を喜んだのはチルソン（チャン・ウォニョン）だけだった。一方、大金と引き換えに子供を産んだジンスクは、役目を終えたとばかりソウルに戻りたがり、チェ長老の正体を調べに行ったビョンリュルは、チェ長老の手下によって監禁される。

チェ長老はビョンリュルが持っていたライターを見て、自分の悪だくみがバレたことを知り、ビョンリュルをア・ドゥマンの地下に閉じ込めてしまう。頭をブロックで殴られたあと、チェ長老の行方を追っていたミンチョルは、チェ長老の裏の顔に感付き始める。その頃村では、風邪が治らないとぼやいていたミソン（キム・スジン）が血を吐いて倒れ、末期がんを宣告されるが…。

原因不明の半身不随で歩けないク会長。ある日、チェ長老の勧めでソン牧師が祈りを捧げると、ク会長の足の指がわずかに動き、これを見た村人たちは驚がくする。一方、勉学をおろそかにして母ジョンヒ（ソ・ヨンファ）の治療費を貯めてきたヨンソンは、母がそのお金をミンチョルに渡すのを見て、あまりのショックに自殺を決意する。そして死ぬために行った貯水池であるものを見るのだが…。

頭を殴りつけてきた犯人を突き止めるため、監視カメラを確認したミンチョル。そこには予想どおり自分の頭に植木鉢を振り下ろすチェ長老の姿が映っていた。一方、チェ長老を嫌う里長によって礼拝に行けずにいた村人たちだったが、ソン牧師の祈りで会長の足が動いたという噂を聞き、興味本位で夜の礼拝へ足を運ぶ。そして、そこで驚くべき瞬間を目の当たりにするのだった。

村の教会を建てたのがチェ長老であることを知ったミンチョルは、その正体を暴露しようと教会へ向かう。しかしその頃、教会にいた村人たちは、ソン牧師の按手の祈りによって、ク会長の麻痺した足が動く瞬間を目の当たりにしていた。ミンチョルの暴力的な暴露はむしろ非難の的となり、村人によって教会から追い出されてしまう。そして本性を見せたチェ長老によって廃映画館に監禁される。

奇跡的に監禁から抜け出したミンチョル。チェ長老の裏の顔をはっきり知ったミンチョルは、その悪事を暴露しようと派出所に行き、そこで偶然目にした指名手配者のビラに、チェ長老らしき顔を発見する。そんな中、チェ長老は思わせぶりに、一部の村人にだけ“ある計画”を打ち明ける。それは選ばれた信者だけが暮らせる“信仰共同体”というエデンの園のような場所だというが…。

ク会長が立ち上がる奇跡を目の当たりにしたあと、村人たちはソン牧師と教会に絶大な信頼を寄せるようになる。指名手配者のビラでチェ長老らしき人物を発見したミンチョルは、警察官を引き連れ、村人たちにそのビラを見せに行く。どこか似ていると思いながらも、人違いだと言い張る村人たち。ミンチョルだけが悪者扱いされていく中、ソン牧師はどこかで疑いの気持ちを抱き始めるが…。

唯一の家族である病気の妹を支えながら生きるフィ、父は高官だが奴婢の母から生まれた庶子という理由で差別されてきたソノは、共に武芸の鍛錬に励む親友だった。ある日、武科の実施が発表され、貧しいフィは禄米を稼ぐため、ソノは将軍イ・ソンゲの右腕として新たな国の中心に立つべく受験を決意する。一方、男装して戦争反対の貼り紙を貼っていたヒジェは役人に追われ、偶然出会ったフィとソノに救われる。３人は梨花楼で酒を飲み交わし、友になるが…。

フィは武科試験の受験を志願するも死罪人の息子という理由で拒否され、妹のヨンは父ソ・ゴムが自決した日のことを思い出して、てんかんの発作を起こしてしまう。ヒジェはヨンの薬を買う金のないフィがツケ払いできるように手助けをする。そんな中、ナム・ジョンは息子のソノをイ・ソンゲの狩りに同行させることに。父に狩り子の手配を命じられたソノは、イ・ソンゲの目に留まれば武科試験を受けられなくても私兵になれると告げ、フィを連れていくが…。

フィは狩猟場でイ・ソンゲに弓の実力を認められ、武科試験の受験資格を獲得。ヒジェは、フィが幼い頃に自分を救ってくれた高麗一の剣士ソ・ゴムの息子だと知り、密かに運命を感じる。一方、ソノは庶子として差別され、亡き兄と比較される人生から抜け出すために武科試験の首席合格を目指すが、貼り紙犯を追っていた役人に斬られ、大怪我を負った状態で試験に臨むことになる。最終試験に残ったフィとソノは、首席の座を目指して決死の闘いを繰り広げるが…。

ナム・ジョンが試験官を買収したことにより、ソノに首席の座を奪われたフィ。ヒジェは満身創痍で倒れたフィを梨花楼に運び、傷の手当てをする。意識を取り戻したフィは梨花楼で試験官と酒を飲み交わすナム・ジョンを目撃し、すべてを悟る。一方、ヒジェは行首ソ・ソルが試験官の買収に協力していたことを知り、不正を告発して再試験を求める投書を司憲府に送る。これを知ったイ・ソンゲはソノとナム・ジョンを山奥に呼び出し、試験官を殺せと命じるが…。

ヒジェはフィに軍役を課したソノを責め、行首にも失望して梨花楼を離れることを決意する。その頃、フィは遼東征伐軍の先発隊として、生き残りを賭けた壮絶な闘いに挑んでいた。無能な隊長に目をつけられたフィは敵将の首を取ってこいと命じられ、チドと２人きりで敵陣に乗り込む。フィは敵将に矢を命中させることに成功するが、チドが敵に斬られて大怪我を負う。フィは見覚えのある入れ墨をチドの腕に発見し、父ソ・ゴムとの意外な縁を知って驚くが…。

知略と武術に長けたフィは周囲の信望を集め、戦場で頭角を現していく。チドは本陣にとって先発隊は捨て駒に過ぎないと言い、何としても生き抜こうとフィに告げる。一方、梨花楼を出たヒジェは、イ・ソンゲの第二夫人カン氏の屋敷へ。カン氏を守ると伝え、イ・ソンゲの五男バンウォンの到着を待つ。そんな中、イ・ソンゲは王命に背いて遼東征伐軍を都に引き返すという決断を下す。ソノは先発隊の生き残りを始末する刺殺隊として前線に送られるが…。