警視庁生活安全部の参事官・黒石元警視正（井上肇）が自宅アパートで自殺した。黒石は組織犯罪対策部の部長候補と目されていたが、数カ月前、若い女性との不倫が週刊誌に報じられて依願退職したばかりだった。知らせを聞いた桜町中央署刑事・架川英児（西島秀俊）は、がく然！　黒石は架川にとって何かと目にかけてくれた“恩人”だったのだ。まもなく、黒石が死の直前、架川に手紙を遺していたことが判明。

出頭して自らの罪を洗いざらい告白する…。そう約束した“マル暴”時代の元上司・藤原要（柳葉敏郎）が何者かに射殺され、桜町中央署刑事・架川英児（西島秀俊）はショックを隠せない。藤原を殺した男が、蓮見光輔（濱田岳）の父・梶間優人（神尾佑）の冤罪事件にからんでいることを直感した架川は、光輔から10年前の事件の全貌を聞きだす。

10年前、蓮見光輔（濱田岳）の父・梶間優人（神尾佑）が冤罪に巻き込まれたホステス殺人事件の手がかりを求め、架川英児（西島秀俊）は単身、長野県春蘭市に乗り込んだ。その直後、桜町中央署管内では、看護師・今野静香（高橋美津子）が何者かに駅の階段から突き落とされる事件が発生。静香は幸い一命をとりとめたものの、意識不明の状態だった。

10年前のホステス殺人の手がかりを得るため長野県春蘭市に乗り込み、何者かに拉致された架川英児（西島秀俊）。その男が、“マル暴”時代の上司・藤原要（柳葉敏郎）を殺した張本人だと直感した架川は、自由を奪われながらも必死に抵抗。ついに拳銃を向けられ、絶体絶命の危機に！　そのとき、現れたのは…!?

それぞれの道筋で、10年前のホステス殺人事件の真相を追い続けてきた架川英児（西島秀俊）、蓮見光輔（濱田岳）、水木直央（上白石萌歌）。架川と光輔は、数日前に死体で見つかった元長野県警会計課長・折原大吾（亀吉）に焦点を当てる。折原は、10年前の被害者・歌川チカ（水崎綾女）と光輔の父・梶間優人（神尾佑）が愛人関係にあると偽証した人物だが、3年前に長野県警を退職。

殺人未遂容疑で指名手配されてしまった、桜町中央署刑事・架川英児（西島秀俊）――。蓮見光輔（濱田岳）たちも架川の行方を追うよう命じられるが、その直後、なじみの居酒屋“龍宮城”に身を潜めていた架川の前に、追手が現れて…。その頃、父・有働弘樹（片岡愛之助）への思いから光輔の協力要請を断った水木直央（上白石萌歌）は、自分の判断は正しかったのか揺れ動き続けていた。

ジャーナリストの桜井瞬一が殺された。現場には十字架のような破片が…。捜査一課・強行犯係の樋口顕（内藤剛志）は二課の氏家譲（佐野史郎）から桜井が収賄疑惑の議員・木崎（大浦龍宇一）の裏帳簿データを持っていたと聞かされる。しかし桜井が残したUSBメモリーには20年前の強盗殺人事件の記事が…。

空き家から女性の絞殺体が見つかる。樋口顕（内藤剛志）が臨場するが、所持品がなく身元を特定できずにいた。鑑識の辰見友恵（遼河はるひ）は衣類からクリーニング店を特定し、NPO法人空き店舗再活用プロジェクトの林康菜（小林涼子）と判明。生駒花蓮（篠田麻里子）は有名DIYクリエイターで康菜と共同で「DIY工房」を立ち上げていた。花蓮が犯人だと示す証拠品が見つかるが、樋口は証拠が揃い過ぎていることに違和感を抱き…！

情報番組のAD坂下龍之介（加藤諒）が工場跡地の冷凍庫から白河篤（横山諒）の遺体を発見し、映像をSNSにアップして話題に。保育士の藤沢芽衣（島崎遥香）は、優子（小島梨里杏）の息子が白河からDVを受けていたことを心配していた。その矢先、白河殺害の容疑者は優子だという映像がSNSで拡散される。ネットに流したのは坂下で、彼はかつて氏家（佐野史郎）が補導した少年だった!?樋口（内藤剛志）は氏家と捜査を進めると…。

工務店の社員・横田慶介（入江甚儀）の遺体が見つかる。臨場した樋口（内藤剛志）が気になったのは、遺留品の３枚の５００円玉と、横田のポケットにあった商店街のスタンプカード。日暮里は職場の八王子からも彼の自宅からも離れた位置にあるのに、スタンプはかなりたまっている。会社では、人当たりの良いとても優秀な営業マンと言われていた横田だが上司の塔場和彦（正名僕蔵）や同僚の坪井奈々（森迫永依）に聞きこみを続けると、私生活では５年前に人身事故を起こしていた。

コーラス会場で身元不明の遺体が…。発見者は、発表会を翌日に控え、リハーサルを終えた佳純（あめくみちこ）。被害者はコーラス団員と同じ格好をしていたが、実は団員ではなかった。違和感を覚えた樋口（内藤剛志）は捜査を開始。監察医の御子柴（竹財輝之助）の機転から元海女の三島芳子（藤吉久美子）と判明。樋口は団員の波花（咲妃みゆ）が三島の娘であることを突き止める。三島は波花が6歳の時に浮気相手と姿を消し、波花 はそのことをずっと恨んでいたが、事件との関係は否認。

公園で老舗和菓子屋『ふなだや』の副社長・船田修二（長尾卓磨）の遺体が見つかる。彼の遺品の携帯には修二の父・喜一郎（勝部演之）と、妻・杏子（原史奈）から着信があり樋口顕（内藤剛志）は、喜一郎に電話を掛ける。事件当日、修二は亡き兄の元妻・久美子（山田真歩）に会いに行っていたことが判明。『ふなだや』の現社長でもある喜一郎は血筋を重視する人物で、亡き長男の娘をどうしても次期社長にしたく、久美子と養子問題で度々話し合いをしていた。

川岸で高校野球部員・井田友彦（菊池銀河）の遺体が発見される。強行犯係の新庄道彦（金田明夫）をはじめ千住北署はSNS上で遺書をみつけ、自殺と結論づける。樋口（内藤剛志）は、遺体の傷跡や関係者への聞き込みで、野球部内でのトラブルなどから他殺の可能性があると考え、再捜査を開始。しかし、所轄が一度出した結論に口を出すことは警察組織の秩序を乱すとされ、樋口は理事官の石田弘（徳重聡）から謹慎処分を言い渡されてしまう。“警察の秩序”と“真実の解明“…その狭間で葛藤し自分の心の弱さを痛感した樋口は自信を失いかける。

運送会社社長・仁和宏之（テット・ワダ）の刺殺体が見つかり、樋口顕（内藤剛志）が臨場する。宏之の妻の紗子（小野ゆり子）は夫からDVを受けたと訴え、離婚を前提に別居中だった。

「“タイムトラベラー”の遺体が見つかった」――。そんな奇妙な知らせを受けた警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は、運転担当刑事・奥野親道（塙宣之）とともにすぐさま臨場する。タイムトラベラーとは、個人投資家の時岡賢（小手伸也）のこと。彼は20年前、誰も目をつけていなかったIT企業の株で巨額の富を築いたことから、業界でそうよばれていたのだ。

トラックドライバー・鵜飼頼道（伊東孝明）の刺殺体が発見されたという知らせが入り、警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は、運転担当刑事・奥野親道（塙宣之）とともに現場に急行する。鵜飼は数日前の夜、“タイムトラベラー”の異名を誇る投資家・時岡賢（小手伸也）の遺体が荷台に遺棄されていたことに気づかぬまま、殺害現場のゲートブリッジから発見現場となった倉庫街まで運んだ人物だった。奇妙なことに、鵜飼が身に着けていたのは20年前、時岡にインサイダー情報を教えた会社員・蝶野成行が失踪当日に着用していたジャケットだった。

東京・銀座の一角にある車2台ほどの小さなコインパーキングで、揚げたてのコロッケを握った女性の遺体が見つかった。知らせを受けた警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は、すぐさま臨場する。コロッケを調べたところ、その温度から揚げたてであることは間違いなかったが、徒歩30分圏内にあるコンビニエンスストアやデパートの総菜コーナーで売っているものとは、色も大きさも微妙に異なっており、どこで購入したのかは謎だった。

バラエティー番組でも活躍する俳人・墨田凌雲（松澤一之）の遺体が川から発見された。警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）らが臨場したところ、橋の上からきちんと揃えた草履と俳句をしたためた短冊が見つかり、飛び込み自殺かと思われた。だが、溺死に見られる生活反応が見当たらず、殺人の可能性が浮上。

大手IT企業『ビッグホール』のチーフプログラマー・太平洋和（小島よしお）が自宅兼仕事場で殺害される事件が起き、警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は臨場する。太平は20年前、 奇跡のプログラム といわれるソフトを発表し、一躍、世界的に有名になった人物だった。太平の開発によって、当時、小さなITベンチャーだった『ビッグホール』は株価が急上昇し、大手へと成長。

スーツが全然似合っていない遺体　が見つかった！　警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）が臨場したところ、被害者は若い女性で、なぜかサイズの大きなメンズのスーツを着用していた。何者かに階段から突き落とされて殺害されたようだったが、現場資料班刑事・平井真琴（斉藤由貴）は、被害者が外見と内面にギャップを持ち、自らを表現できずに悩んでいたのではないか・・・と直感する。

の王様 の遺体が見つかった――。そんな奇妙な一報を受けた警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は、現場の公園に臨場する。殺されていたのは、広告会社社長・川瀬珠代（秋本奈緒美）。第一発見者でもある秘書・波岡英明（春海四方）によると、珠代は社内で 裸の王様 と陰口をたたかれていたという。

ド派手なクラブファッションに身を包み、LEDライトが点滅するサングラスをかけた男性の刺殺体が発見され、警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は現場に駆けつける。まもなく、身元は不動産会社社長・内川蔵之介（阪田マサノブ）と判明。警ら中に遺体を見つけた交番勤務の巡査・尾山田すずめ（藤野涼子）は途中、現場から逃げるように走り去る地味な女性とすれ違ったと話す。

猫耳カチューシャ を手にした男性の遺体が見つかった。遺体の身元は、商事会社の営業部長・鵜飼博（松田賢二）と判明。臨場した警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）はスーツにたくさんの猫の毛がついていることに気づくが、現場資料班刑事・平井真琴（斉藤由貴）は、被害者はそれほど猫が好きではなさそうだと直感する。

「ー課長、殺しです」。小山田大介管理官（金田明夫）からいつになくシンプルな報告を受けた警視庁捜査ー課長・大岩純ー（内藤剛志）は、胸騒ぎを覚えながらも臨場する。

殺人事件発生の一報を受けた警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は、運転担当刑事・奥野親道（塙宣之）とともに事件現場に急行する。渋谷の路地裏で刺殺されていたのは、フードプロデュース会社の社員・押尾貴代（咲妃みゆ）。遺留品のバッグの中からは、なぜかかつて喫茶店によく置かれていた“ルーレット式おみくじ器”が見つかった。

新専従捜査班に新人・坂下路敏（小瀧望）が配属された。東大卒のキャリア組だが、新専従捜査班を、天樹悠（東山紀之）を筆頭としたエリート集団と認め、自ら希望して配属されてきたというのだ。爽やかでフレッシュで、いい子に見える新人の登場を歓迎する面々。教育係は水田環（倉科カナ）が務めることに。そんな中、大学教授が胸を万年筆で刺される殺人事件が発生する。

不動産会社の経営者・征木健也（小久保寿人）が合コンの途中、撲殺死体で発見される。天樹悠（東山紀之）らがさっそく現場に臨場する。被害者の財布からは現金が抜かれ、アクセサリー類も奪われていたことから、物取り目当ての犯行の可能性も示唆する。一方、坂下路敏（小瀧望）は、たまたま現場に居合わせた飛び降り自殺者の身辺を調査することに。

ある夜の公園。暗闇に浮かぶオレンジの光が、上下左右に揺れながら、上昇した後、不意に消える――。翌朝、その公園で磯村正彦（宮澤佑）の刺殺体が発見される。現場を訪れた天樹悠（東山紀之）、海老沢芳樹（田辺誠一）、坂下路敏（小瀧望）、そして青山新（塚本高史）は、街灯がひとつもない場所で争った形跡がないことから、顔見知りの犯行も視野に入れる。

ある撮影所。日本刀片手の俳優・巻乃竜也（八神蓮）とボウガンを持った女優の濱田梨沙（三津谷葉子）が対峙している。やがてシーンは動き、ボウガンが巻乃に向かって発射されるが、なんと、その矢は本物で…。天樹悠（東山紀之）、海老沢芳樹（田辺誠一）、そして青山新（塚本高史）が現場に臨場する。

介護施設・ドクダミ園の入所者である友田重治（田山涼成）が、早朝の森林公園でスポーツジムのインストラクター・梅田翔也（神田穣）の刺殺体を発見する。さらに、現場から30mほど離れた場所で、ドクダミ園の職員に配られているバッヂが見つかる。第一発見者が同施設の入所者ということもあり、捜査1課は新専従捜査班に応援を要請。