広大な屋敷に住む大地主の資産家・篠宮武（陰山 泰）の遺体が、自宅の浴室で発見される。入浴中に、スタンガンを湯舟に投げ込まれたことによる感電死だった。屋敷を調べる天樹悠（東山紀之）ら新専従捜査班メンバーは、防犯カメラのコードが切断されていることなどから、計画的な犯行も視野に入れる。

人気のない路地裏。坂下路敏（小瀧望）が、怪しげな男・小室（鷲尾英彰）に現金を渡している。小室は金を数え、不敵に笑うのだった。一方、新専従捜査班に、交番勤務の巡査部長・山岸正武（鶴見辰吾）が撃たれたという知らせが入る。天樹悠（東山紀之）をはじめ、新専従捜査班メンバーは現場に向かうが、そこには犯人と争い、なぜか交通標識を掴んだまま息絶えている山岸の遺体が。

“元”専従捜査班・野々村拓海（白洲迅）は物足りない日々を送っていた。警視庁の花形部署でエリートが揃う捜査一課七係に異動し、念願の正真正銘、刑事職に就くことができたのだが、 警視庁も大きく変化し、業務の効率化を重視する捜査方針で、事件当日でさえも定時に帰されていた。捜査資料はすべてデータ化され、刑事資料係はその役目を終えたため、それに伴い、片桐の一言で専従捜査班も解散していたのだ。

2件の連続殺人事件を捜査していた拓海（白洲迅）は、窮地に陥っていたところを、天樹（東山紀之）たち元専従捜査班の面々に救われ…元専従捜査班チームが再集結。片桐（吉田鋼太郎）のもと、天樹、拓海をはじめ、海老沢（田辺誠一）、環（倉科カナ）、青山（塚本高史）は新たに発足した刑事部特別捜査係として動き出すことに。

路地裏で男性の刺殺体が見つかった。臨場した警視庁特別捜査係刑事・天樹悠（東山紀之）は、被害者の所持品から宮城県の地方紙の切り抜きを見つける。半年前に白石市内の山中でキャンプしていた大学生2人が新種の毒キノコを食べ、ひとりが死亡したことを報じた記事だった。刺殺体を解剖した堂本俊太郎（北大路欣也）は、記事のことを聞くと……一瞬表情を変える。

夕方、天樹悠（東山紀之）ら専従捜査班のもとに、廃屋で男性の刺殺体が見つかったという知らせが入った。翌日、10年目の挑戦となる昇進試験を受ける予定の海老沢芳樹（田辺誠一）は定時で退庁しようとしていたところだったが、天樹たちとともに急遽、現場に向かう。殺されたのは投資会社社長・友永三郎（金井成大）で、容疑者は宝石店窃盗事件で実刑判決を受けたものの、収監前に逃亡し手配中だった登戸和馬（味方良介）。

休日、片桐正敏（吉田鋼太郎）は、別れた妻・朝山恵美（安藤玉恵）のもとで暮らす高校生の娘・朝山美央（茅島みずき）と、月に一度の“デート”を楽しんでいた。その日は美央のリクエストで映画を観に行く予定だったが、当の美央はアルバイト先のファミリーレストランから出勤要請が来たといってそそくさと帰ってしまい、片桐はうなだれる。落ち込んだのも束の間、美央が携帯電話を忘れていったことに気づいた片桐はあわてて娘のバイト先へ。

不動産業者・尾原喜一郎（春海四方）の遺体が発見された。後頭部に損傷が見られたものの現場に血痕がないうえ、見つけやすい場所に放置されていたことから、天樹悠（東山紀之）は、犯人が別の場所で殺害後、犯行現場を隠す意図でここまで遺体を運んできたものと考える。尾原は仕事のかたわらボランティア活動にも精を出し、周囲から“仏の尾原”とよばれていた。そんな好人物が、誰になぜ殺害されたのか…？

都下にある資産家宅の一室で、西園寺大輔（近藤公園）と家政婦の佐藤愛（水崎綾女）は、大輔の母である屋敷の主・和子の遺体をスーツケースに詰めようとしていた。実は、大輔と愛は遺産目的で共謀して和子を毒殺。和子が軽井沢の別荘でひとり薬物自殺を図ったと見せかけるため、急ぎ遺体を軽井沢まで運ぶ計画を立てていたのだ。ところが、そのとき屋敷のドアベルが鳴った。

天樹悠（東山紀之）たち専従捜査班のもとに、一通の手紙が届いた。「役立たずの警察へ。14年前の事件の犯人は私だ。今度こそ捕まえてみろ」と警察を挑発する文章が記されていたほか、髪の毛とヘアゴムが同封されていた。DNA鑑定の結果、それらは14年前の事件の被害者のものと一致する。その事件とは、7歳の女の子が大型スーパーの屋上から何者かに突き落とされたというものだった。

女子大生の刺殺体が公園で発見された。遺体の首筋に人間のものと思しき歯型が残されているのを見た天樹悠（東山紀之）は、がく然。ひとり考え込んだ挙句、行先も告げずにふらりと単独捜査に出てしまう。青山新（塚本高史）は、いつもとどこか違う天樹の様子が気にかかる…。実は、天樹は25年前の事件を思い起こしていたのだ。片桐正敏（吉田鋼太郎）によると、それは天樹の刑事人生で唯一“黒星”を喫した、“かみつきジャッカル事件”とよばれるものだという。

京都府警捜査一課刑事・時矢暦彦は“京都府警に時矢あり”といわれるほど優秀な刑事。だが、容疑者・能見冬馬を追跡中、廃工場の貯水プールに転落。病室で目を覚ましたとき、なんと刑事拝命以来の20年間の記憶を失っていることに気づく…！

かつては敏腕でスマート、現在は“記憶ゼロ状態”になってしまった京都府警捜査一課刑事・時矢暦彦は、別れた妻で弁護士の奥畑記子から、いきなりある書類を渡される。

京都市内の地下駐車場で、1億円の現金が強奪される事件が発生した。被害者は、貴金属買取チェーンの会長・夏富輝一郎。海外バイヤーとの取引のため現場を訪れたところ、買い取り資金として用意してきた1億円を、バイクに乗った男に強奪されたという。

深夜、京都市内の中古品買取店で、時価500万円の純金の延べ棒が盗まれる事件が起きた。事件当夜、偶然店の前を通りかかり、怪しい男を見かけた時矢暦彦は捜査の行方が気にかかる。

京都府警捜査一課刑事・時矢暦彦はコンビを組む刑事、佐相智佳を連れて、京都の山奥にひっそりとたたずむ“八咫神村”に足を踏み入れた。八咫神村は、“神様が棲む”といわれる村…。

進学校として有名な私立中学の校長・須藤公彦の刺殺体が、雑居ビルの屋上で発見された。

記憶を失う前とは打って変わってズボラな性格になった時矢暦彦を、佐相智佳は見かねて注意。そんな智佳に時矢は反発し、2人はケンカになってしまう。

精密ガラスメーカーを定年退職したばかりの元専務取締役・三宅鎮男が自宅で殺害され、元部下の金戸直実が逮捕された。驚いたことに金戸は、時矢暦彦とバディを組む新人刑事・佐相智佳の実の父親だった…！

別れた妻で敏腕弁護士の奥畑記子に記憶喪失であることがバレ、1週間以内に職を辞するよう言われた時矢暦彦は、すぐにでも記憶を取り戻そうと、開業医の叔父・生田目守雄から退行催眠療法を受ける。

3件の猟奇殺人で世間を震撼させた能見冬馬と同じく、タロットカードの図柄を再現する手口で2件の殺人に走ったネットニュース記者・外山直澄が、自殺――。

体育教師から警察官に転職し、横浜の交番に勤務している仲井戸豪太はある日、商店街で包丁を振り回していた暴漢を現行犯逮捕。県警本部長から表彰される。

会社員の男性が地下道の階段から突き落とされ、意識不明の重体に陥った。事件を目撃した大学生が通報したため、ほどなく警察は被疑者と思われるフリーター・猫田一也を任意同行することに。

営業時間中のはずが閉店していたバーの店内で、男性オーナーの刺殺体が見つかった。連絡を受けて現場に急行した横浜桜木署の刑事・仲井戸豪太と横浜地検みなと支部の検事・真島修平はそれぞれ、初めての殺人事件現場に大張り切り。

横浜桜木署の刑事課にテレビ番組の密着取材が入ることになった。刑事課のメンバーはカメラを意識して何かとカッコつけるが、大した事件の通報もなく、空回り感が否めない。

横浜桜木署の刑事・仲井戸豪太と目黒元気は居酒屋店へ。“出世第一の人生プラン”を掲げる目黒は、とうとうと“守りの姿勢”の大切さを語り始める。

女子力が低くて恋愛方面はてんでさっぱり…な横浜桜木署の刑事・毛利ひかるは職業を偽り、頑張って女子っぽさを意識しながら合コンに参加。

横浜桜木署の管轄内にある公園で大学生・江島陸が知人男性らから集団暴行を受け、全身を打撲した上、何らかの凶器を使って脚の骨を折られた。

夜間に裸足で街を歩いていた6歳の少女・三崎笑美が保護された。虐待を受けている可能性があったため、横浜桜木署の刑事・仲井戸豪太は笑美と二人で暮らしている母親・三崎真由子に任意同行を求め、事情を聴く。

横浜桜木署管内で、激しい暴行を受けた身元不明の遺体が見つかった！　遺体の胸元にある火傷の痕を見た桜木署の刑事・仲井戸豪太は、犯人が身元を隠ぺいするためタトゥーを消そうとしたのだと推測。