ジェシーは友人の仇を取ろうと犯人トマスの常連客ウェンディに接触する。

安定した麻薬取引の作業が維持できないガスはついにウォルターとジェシーを抹殺することを決意する。

元締めのリーダーであるガスは薬物（メス）の製造をウォルターとジェシーに託すしかないと悟るが…。

ガスの管理下で薬物製造を進めるが、自分の身も守らねばとウォルターは銃を常時持つようになった。

ウォルターの義理弟で元警察官のハンクは犯人との銃撃戦で傷を負い下半身不随になって自宅ベッドで寝たきりである。

車洗浄駐車場ビジネスのスタート資金はウォルターがギャンブルで得たものという作り話でとりつくろうとスカイラーは決める。

ジェシーはマイクの薬物で得た金の集金に同行していた。そうとは知らないウォルターはガスとの対決を決意。

ハンクとの食事会でゲイル殺人事件の話題が出た。スカイラーは新たな疑惑をウォルターに感じ一時的に家を出てしまう。

スカイラーに詰られ息子に買った高級車を炎上させるウォルター。不満の高まりはガスが原因である。

警察はガスに出頭を求め疑惑を追及する。証拠を出さないガスに対し警察は意見が割れる。

ハンクの捜査が薬物の貯蔵施設に及び、ウォルターはマイクにアジトの移動をアドバイスする。

ジェシーが精製した薬物がまぎれもない品質の高いものであることが証明される。

ソウルの手配でテッドを脅迫し事態を収拾することができたが、テッドは事故で亡くなる。

ハンクたちの捜査はついに核心に達し、組織の元幹部を尋問するに至るが成果を出せずに終わる。

ガスとの最後の対決の時が来た。ガスは敵対する組織のメンバーで最後の生き残りを殺害するため療養院を訪れる。

ガスが残した証拠を消すためにウォルター、ジェシー、マイクは新たな協力関係を築く。

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ハンクと同僚のゴメスが再びハイゼンベルグ逮捕に動き出した。

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