再びの脱獄計画を実行に移したマイケルとウィスラー。しかし運悪く太陽が雲に隠れたせいで失敗に…。

スーザンは急遽ウィスラーの単独救出作戦を決定。しかし裏切りの動きを察知したマイケルは…？

司令官から拷問を受けたマイケル。ついに組織に甥を人質に取られていることを告白してしまう。

新ボスのサミーが「マイケルの命と引き換えにラム1箱を渡す」と宣言。囚人たちは沸き立つが？

大雨により脱出用トンネルが陥没寸前に。マイケルは脱出の予定を早め、急ピッチで作業を進める。

敷地内を停電させ、脱走を試みたルチェロたち。再度の脱獄事件発生に監視員たちは大騒ぎする。

SONAから脱獄したマイケルは、LJ奪還のため最後の駆引きに挑む。激動のシーズンフィナーレ！

復讐のためにアメリカに戻ってきたマイケル。彼を待っていたのは特別捜査官セルフだった。

サラは生きていた！ マイケルたちは組織壊滅のカギとなる“スキュラ”の解読に挑むことになる。

6枚のカードから構成されるスキュラ。マイケルたちは暗号を解読し番人全員の密会を突き止める。

番人はトルコ領事の妻だった。マイケルたちは彼女が出席すると聞き、追悼式典に潜入するが…。

次なる番人は財務省の役人。マイケルたちは金庫に入っているスキュラを奪取する作戦を立てる。

マホーンが警官を殴って逮捕された。マイケルは彼の救出を諦め、スキュラ捜索続行を提案するが？

ティーバッグの策略にまんまとハマったマイケル。スキュラのありかを探すよう脅迫されるが…。

マイケルたちの動きを察知した“将軍”と呼ばれる人物とは？ スキュラを巡って緊急事態が発生！

邪魔な巨大水道管をどう排除すればいい？ マイケルは制御盤に細工して断水状態にするが…。

地雷を踏んで身動きが取れなくなったスクレ。マホーンは制御装置を解除することはできるか!?

スキュラの保管庫にたどり着いたマイケル。しかし彼らの侵入を知った将軍が、地下へ急行する！

将軍をまんまとおびき寄せたマイケル。最後のカードを脅し取って、ついにスキャラが姿を現すが!?

裏切り者のセルフにスキャラが奪われた！ さらにミリアム殺しの罪までなすりつけられてしまう。

最後のチップを奪おうと攻撃をしかけてくるセルフ。さらにマイケルが組織に連れ去られてしまう！

マイケルを救うために、将軍に協力することを決めたリンカーン。そしてマイケルの手術が始まる。

マイケルの母は生きていた!? 母の対面と引き換えに、組織の一員になるよう誘われたマイケルは？

スキュラを奪ったのは母クリスティーナだった。リンカーンは皆の反対を押し切り、母に会いに行く。

弟からは理解を得られず、母からは殺されかける。追い詰められたリンカーンたちが行動に出る！

クリスティーナを拉致して別宅で尋問するマイケル。しかし息子より母のほうが一枚上手だった…。

クリスティーナにしてやられたことに激怒する将軍。マイケルは母からスキュラ奪還を強いられる。

兄と恋人。クリスティーナと将軍から最愛の2人の命を天秤にかけられたマイケルが取った行動は!?

スキュラは果たして誰の手に!? マイケルたちの逃走と戦いの日々が、ついにフィナーレを迎える！

時は、4年前。サラはマイケルの母親殺害の容疑でFBI捜査官に連行されてしまう。